Вителли был схвачен, допрошен и через день казнен. В эту эпоху политических противников устраняли без колебаний и сожалений. Через полтора года был задержан Пьетро Гамбакорти, которого допрашивали о деталях предательства уже казненного Вителли, часть протокола написана рукой Макиавелли. В1503 года против Флоренции восстали Ареццо и Валь-ди-Кьяна, в связи с чем Макиавелли счел необходимым сформулировать способы замирения городов, отложившихся от своей метрополии. Он советовал применять решительные меры не только по отношению к аретинцам и вальдекьянцам, но и к любым нарушителям государственных интересов и предателям.
Хотя второй канцлер республики и был первым человеком при главе правительства, он продолжал выполнять сложные дипломатические поручения, так как никто не мог точнее и вернее оценить политическую атмосферу в чужой стране и дать характеристику ее деятелям.
Когда Синьория торопила его с присылкой донесений, он отвечал «серьезные вещи не отгадываются если не хочешь излагать выдумок и сновидении, необходимо все проверить». Во все ответственные моменты итальянской и европейской истории второй канцлер отрывался от своих дел во Флоренции и направлялся в другие государства и чужие страны. В 1503 году он оказался в войске Цезаря Борджа, занимавшего Перуджу, Ассизи, сиенские замки.
В том же году его срочно направили в Рим в связи со смертью Александра VI и выборами нового папы Юлия II. В 1504 году он вторично едет во Францию, в Лион, с новыми инструкциями флорентийскому послу при Людовике XII Никколо Валори, который в письмах к Десяти лестно отзывался о Макиавелли, помогавшем ему советами.
В следующем году он едет с дипломатическими поручениями к синьору Перуджи Бальони, к маркизу Мантуи и синьору Сиены Пандольфо Петруччи, а еще через год представляет республику при папе Юлии II, который во паве своих войск направлялся на захват Перуджи и Болоньи. Флорентийский посол должен был в дипломатичной форме сообщить воинственному папе, что Флоренция, хотя и является его союзником, пока не может оказать ему помощи в его «святом деле»10 января 1507 года состоялось избрание Девяти, а 20 января они принесли присягу правительству.
Секретарем Девяти был избран Макиавелли, который до 1511 года фактически руководил всеми делами этой комиссии. В1509 году он занят делами, связанными с империей, и направляется в Мантую для уплаты денежного взноса республики Максимилиану, а затем в Верону, откуда наблюдает за ходом военных действий между Венецией и союзниками Флоренции.
В следующем году он в третий раз едет с дипломатической миссией во Францию для переговоров о совместной борьбе против Венецианской республики. После этой поездки им были созданы «Описания событий во Франции».
Не прошло и года, как его снова направляют во Францию через Милан для обсуждения вопроса о Пизанском церковном соборе, который организовал Людовик XII против папы Юлия II.
В ноябре 1511 года в Пизе открылся собор, и Макиавелли был послан туда республикой для наблюдения за его ходом. Многое сделал Макиавелли как секретарь военной комиссии Десяти, проявив себя на этом поприще не только как умелый исполнитель, но и как инициативный организатор.
Однако в 1512 году произошли драматические события, которые привели к гибели Флорентийской республики и пресекли бурную политическую деятельность Никколо Макиавелли, человека действия, говорившего: «Сначала жить, потом философствовать».
11 апреля испанское войско захватывает Прато, учинив там беспощадную резню и разграбление Пьеро Содериьн бежит из Флоренции, где восстанавливается синьория Медичи.