В следующем году был раскрыт антимедичейский заговор во главе с Боски, в соучастии в котором был заподозрен Макиавелли в марте этого года он был брошен в тюрьму, подвергнут пытке — ему нанесли шесть ударов плетьми, — и вышел из заключения только благодаря амнистии, объявленной в связи с избранием на папский престол Джованни Медичи, принявшего имя Льва X.
Как неблагонадежному ссыльному ему разрешили проживание только в расположенном недалеко от Флоренции принадлежащем ему небольшом имении Сант-Андреа в Перкуссино, около Сан-Кашьяно. Имение это находилось близ придорожной гостиницы на пути в Рим и получило название Альбергаччо («гостиничка»).
Впервые напряженная и безостановочная деятельность Макиавелли была прервана, и он был обречен на вынужденное бездействие. Он мог лишь переписываться со своими друзьями — Содерини и Веттори.
«Так долго продолжаться не может, — писал Макиавелли, — такая бездеятельная жизнь подтачивает мое существование, и если Бог не сжалится надо мною, то в один прекрасный день я покину свой дом и сделаюсь репетитором или писарем у какого-нибудь вельможи».
Но Медичи не доверяли бывшему секретарю республики и в течение пятнадцати лет не допускали Макиавелли к политической деятельности. Это была своего рода гражданская казнь для человека, который почти полтора десятилетия находился в центре политической жизни Флорентийской республики. Однако активный период деятельности не был для него лишь школой политической практики Макиавелли наблюдал, размышлял и, обобщая, записывал свои выводы. Эта вторая сторона его деятельности не приостановилась и во время ссылки, наоборот, 1513–1520 годы были периодом его продолжительного творческого подъема.
В «Государе» Макиавелли нарисовал образ мудрого правителя, который должен сочетать в себе и в своих действиях качества льва, способного расправиться с любым из врагов, и лисицы, способной провести самого изощренного хитреца. Он должен по возможности не удаляться от добра, но при необходимости не чураться и зла. Такой образ действий со времен Макиавелли стал называться макиавеллизмом. Согласно Макиавелли, любое насилие можно оправдать во имя государственного блага. Если правитель прибегает к насилию, то это не должно быть самоцелью. Он подчеркивал, что насилие должно исправлять, а не разрушать. Политическим идеалом Макиавелли была Римская республика. Поэтому он и считал, что лучшей формой правления является республика.
В отличие от гуманистов, Макиавелли относился к античным писателям как политик — теоретик и практик. Любая возможность воплотить их идеи в жизнь не упускалась новоявленным сельским отшельником. Такой была его весьма смелая попытка внести улучшения в систему и метод правления Медичи в 1520 году, что выразилось в составлении «Рассуждения» об улучшении дел во Флоренции.
Не отказывался он и от незначительных деловых поручений, редко перепадавших на его долю, вроде поездок в Карпи во францисканский монастырь в 1521 году, который он в письме к Гвиччардини едко назвал «республикой деревянных сандалий», или в Лукку в 1520 году и в Венецию в 1525 году для защиты интересов флорентийских купцов.