Именно после ее смерти он становится глубоко верующим человеком и пытается разрабатывать позитивную философию, или философию откровения, в которой откровение ставит выше разума. Местный юрист Эбергард Фридрих Георгии предлагает Шеллингу рассказать о своей философии в узком кругу заинтересованных лиц. Шеллинг соглашается, просит только, чтобы слушателей было как можно меньше, чтобы встречи носили характер не лекций, а собеседований. Так начинаются «Штутгартские беседы». «Шеллинг вернул Бога миру, откуда его изгнали своим умничаньем ученики Канта», — писал королю Вюртемберга куратор Тюбингенского университета Вангенгейм, участник «Штутгартских бесед».
Избавленный от необходимости преподавать, он посвящает свободное время упражнениям в магии и размышлениям над ее тайнами. Во время продолжительного отпуска в 1810 году, проведенного им в Штутгарте, Шеллинг развивает в частных лекциях учение о личном бессмертии. На сдвиг в мировоззрении мыслителя указывает его (последняя из изданных им самим) работа «О самофракийских божествах» (1815), появившаяся в качестве приложения к более значительной, но так и не опубликованной им работе о мировых эпохах.
Шеллинг занят теперь проблемами божественной истории, которая переживается человеком как самооткровение Бога сначала в мифологических воззрениях древних, а затем в христианской религии, соответственно чему новая система его так называемой позитивной философии подразделяется на философию мифологии и философию откровения. После ухода из жизни Каролины Шеллинг уверовал в бессмертие и при этом сохранил свою оппозицию идеализму. Как совместить противоположные позиции?
В Германии в XVIII веке существовало целое философское направление, сочетавшее естественнонаучный материализм с учением о личном бессмертии душа состоит из материальных атомов и именно поэтому вечна и нетленна, Шеллинг был убежден в нерасторжимости духа и материи. Помимо литературной работы, помимо чтений, он находит успокоение в переписке с Паулиной Готтер, дочерью близкой подруги Каролины. Она называла его жену второй матерью. Довольно долго они переписывались, прежде чем Шеллинг назначает ей свидание. Девушка производит на него приятное впечатление. 11 июня 1812 года она выходит за него замуж». Я нашел то, что мне было нужно», — сказал он в первый же год своей новой супружеской жизни и от этих слов никогда не отрекался.
Что касается Паулины, то она была без ума от своего мужа «Я счастлива без меры, — признается она своей доверенной подруге, — Шеллинг самый дорогой, самый лучший человек на свете, у нас взаимная сердечная склонность, наши желания и стремления едины, мы живем каждый в другом и только для другого». Паулина подарила ему шестерых детей — троих сыновей и троих дочерей.
В Баварии, где Шеллингу покровительствовал сначала король Максимилиан-Иосиф, а затем вступивший на престол наследный принц Людвиг, философ нашел наиболее благоприятные условия для беспрепятственной проповеди своих новых, созревших в тиши взглядов, взращенных под влиянием учения герлицкого мистика XVII века Якова Беме о порождении Бога в Боге, а также под воздействием мифологическо-христианских представлении гностиков и александрийских неоплатоников о познании как откровении человеку глубочайших тайн божественной сущности.
В мае 1827 года его назначают генеральным хранителем научных коллекций государства с окладом 4500 флоринов.