Лекции Шеллинга стали сенсацией. Слава и успех сопутствовали ему, число слушателей на его лекциях заметно увеличивалось. Их посещали будущий естествоиспытатель и натурфилософ Лоренц Окен и один из первых русских шеллингианцев, петербургский натурфилософ Данило Михайлович Велланский.
В1800 году появляется работа Шеллинга «Система трансцендентального идеализма». Автор говорит о натурфилософии и трансцендентальной философии как о двух науках, с необходимостью дополняющих друг друга. Если смотреть на мир, исходя из природы, как это делает натурфилософия, то на первом плане оказывается объективная, материальная сторона действительности. Но чем выше мы поднимаемся по лестнице природных форм, указывает Шеллинг, тем организованнее природа, тем больше в нее «проникает закономерность», а значит, ее «необходимой тенденцией» является «одухотворение». Природное развитие завершается появлением человеческого сознания.
В январе 1801 года вышел очередной номер «Журнала умозрительной физики» со статьей Шеллинга «Об истинном понятии натурфилософии». «Как будто идешь в сумерках по знакомой дороге, ориентируешься безошибочно, хотя окружающих предметов не видно», — отозвался Гете об этой статье. Гегель, исчезнувший из поля зрения Шеллинга однокашник, вновь дал о себе знать осенью 1800 года. Шеллинг принял живое участие в судьбе университетского друга. Помог переехать в Иену, поселил у себя. Гегель прошел габилитацию (первым оппонентом на диспуте был Шеллинг) и в качестве приват-доцента начал читать курс.
Для Шеллинга Гегель оказался находкой. К тридцати годам ничем себя в науке не проявивший, усердный, без амбиций, противник Фихте, вроде бы единомышленник — лучшего соратника трудно себе представить. Способности у них различны (Шеллинг продуцирует идеи, Гегель углубляет их, доводит до конца, систематизирует), характеры несхожи (Шеллинг импульсивен, Гегель рассудителен), но это не мешает им сотрудничать.
Работа Гегеля «Различие между системами философии Фихте и Шеллинга» (1801) поддержала и укрепила Шеллинга в мысли о том, что его натурфилософия не просто ветвь фихтианской теории познания, но содержит в себе новой принцип, и что тождество мышления и бытия есть как основной предмет, так и принцип его подхода. В различных сферах философии и разными способами прокладывает Шеллинг дорогу своей философии тождества в лекциях по философии искусства (читанных в Иене в 1802–1803 годах и в Вюрцбурге — в 1804 и 1805 годах), в курсе лекций «О методе академического изучения» (1802), в философском разговоре «Бруно, или О божественном и естественном начале вещей» (1802), в своем гносеологическом и историко-философском подходе — повсюду проводит он один и тот же принцип.
Шеллинг публикует курсы читаемых им лекций, издает «Журнал спекулятивной физики» (1800–1802) и — в соавторстве с Гегелем — «Критический журнал философии» (1802), печатается даже в таком журнале, как медицине кий ежегодник. Настойчивость Шеллинга в распространении им своих воззрений примечательна в той связи, что саму философию он считает принципиально недоступной «многим», эзотеричной по самому ее существу.