Между первоначальными идеями Шеллинга и гегелевской системой явно прослеживается преемственность и настоящий прогресс, тогда как позднейшее учение Шеллинга означает скорее расхождение его с прежними своими убеждениями и с гегелевскими взглядами. «Позитивная философия», разрабатывавшаяся приблизительно с 1815 года, была изложена Шеллингом в 90 лекциях, представлявших собой содержание позднейшего учения, которого он придерживался до конца своих дней.
Решающим испытанием этих новых взглядов стало чтение им лекций в 1841–1842 годах в Берлинском университете, куда он был приглашен королем, чтобы «разделаться» с учением покойного уже Гегеля и с беспокойными его учениками. Курс философии откровения слушали одновременно А. Гумбольдт, С. Кьеркегор, М. Бакунин и Ф. Энгельс, который проходил в Берлине срочную службу в качестве королевского бомбардира. В своей критической статье «Шеллинг — философ во Христе» Энгельс характеризовал этот курс следующим образом: «Первое, что сделал Шеллинг здесь на кафедре, было то, что он прямо и откровенно напал на философию и вырвал из-под ее ног почву — разум».
Недовольны были и другие гегельянцы, когда лектор потревожил тень их учителя. Шеллинг старался быть сдержанным, он не ругал, он хвалил Гегеля, но как «Только Гегель спас для будущего времени основную мысль моей философии и сохранил ее в чистоте». Однако возложенную на него прусским правительством миссию Шеллинг не выполнил. Он прекратил читать лекции в 1846 году. Потом перед началом каждого семестра к нему приходили студенческие депутации с просьбой начать курс, но он отказывался, ссылаясь на то, что в Пруссии нельзя отстоять свое авторское право. Он был недоволен правительством и общегерманской политической ситуацией.
В феврале 1848 года собеседник Шеллинга записал следующие его слова «Немец вселенский осел. Судьба его не щадит. Мелкодержавье устарело и изжило себя. Вы увидите через 30 лет все будет иначе». Жизнь втягивала его в политику. Король Максимилиан обращался к нему за советами, и он давал их. Шеллинг был противником революции, любой государственный переворот называл «отцеубийством», но изъяны монархии ему тоже очевидны. «Я категорически отрицаю, что на этом свете вообще может быть идеальное государственное устройство», — пишет он баварскому королю.
Работу он не прекращает, сил мало, но дело идет своим чередом. У него возникли новые идеи, он пишет совершенно новый раздел своей системы — негативную, «первую» философию, которая должна предшествовать «второй», позитивной философии и обосновывать ее. Посылая в июне 1851 года рукопись своему сыну Фрицу, Шеллинг пишет «Все мои мысли заняты работой. Я решил полностью закончить негативную философию, чтобы больше потом к ней не возвращаться».
В феврале 1853 года Шеллинга мучают старческие недомогания, силы катастрофически убывают. Он решает подвести итог, составить духовное, философское завещание. Это перечень рукописей и распоряжения относительноих судьбы.
Он обрел вечный покой 20 августа 1854 года в швейцарском курортном городке Рагац.