В марте 1802 года Каролина отправилась к мужу в Берлин выяснять отношения. Они решили окончательно разойтись. 17 мая 1803 года брак был наконец расторгнут. Теперь ничто не держало Шеллинга в Иене. Побывав в Веймаре и простившись с Гете и Шиллером, Фридрих и Каролина уехали в маленький швабский городок Мурхардт к его родителям. Радушный прием обеспечили тактичные письма Шеллинга. Его отец был расположен к Каролине также и потому, что она была дочерью известного ориенталиста профессора Михаэлиса, которого он знал и чтил.
26 июня Шеллинг и Каролина поженились. Медовый месяц молодые провели в Канштадте. Вернулись в Мурхардт и отбыли в Штутгарт. Затем переехали в Тюбинген. Наконец, получив назначение в Вюрцбург, Шеллинг на долгие годы обосновался в Баварии. Его учение о природе развилось в эпоху естественнонаучных открытий Вольты, Гальвани, Кулона, Лавуазье, что и нашло свое выражение в таких сочинениях философа, как «Первый набросок системы натурфилософии для лекций» (1799), «Введение к наброску системы натурфилософии, или О понятии спекулятивной физики и о внутренней организации системы этой науки» (1799), «Общая дедукция динамического процесса» (1800).
На формирование натурфилософских взглядов Шеллинга оказали непосредственное влияние исследования И. Риттера, К. Кильмейера, К. Эшенмайера. Мы не только мыслим природу, доказывает Шеллинг, и не только воображаем ее, но и практически взаимодействуем с ней. Он развивает динамическое воззрение на природу, согласно которому природа в своем развитии проходит ряд качественно отличных ступеней, которые Шеллинг называет потенциями. Сущность природы составляет так называемая «полярность», или единство противоположных сил полюса магнита, положительное и отрицательное электричество и т. п.
Картина природы, построенная таким образом, получает у Шеллинга название натурфилософии. И это была новая для того времени форма знания. В сущности, натурфилософия представляла собой учение о природе, где последние данные опытного естествознания дополнялись чисто умозрительными, спекулятивными, как было принято тогда выражаться, понятиями. Это была попытка синтеза опытного естествознания и спекулятивной философии.
Природа выступает у Шеллинга как «видимый дух» — это живой, связный во всех своих частях единый организм. Эстетическое видение, которым был щедро одарен мыслитель, упрочивало такой подход к природе как к целостному, гармонично организованному устройству, прекрасному образцу для творческого художественного воспроизведения. Учение Шеллинга возвестило о наступлении новой эпохи. Ибо хотя любовь немецких романтиков к природе и была велика, но они любили ее как бы заочно, в мечте. Неудивительно поэтому, что прямая ориентация «лицом к природе» — завоевала многочисленных сторонников и восторженных последователей.
Шеллинговская концепция быстро завоевывала признание и в кругах ученых. В лице крупного исследователя в области минералогии норвежца Генриха Стеффенса Шеллинг обрел в 1798 году первого значительного союзника из среды естествоиспытателей.