Флоренский не собирался уезжать из России, хотя на Западе его ждала блестящая научная карьера и, вероятно, мировая слава. Он был одним из первых среди лиц духовного звания, кто, служа Церкви, стал работать в советских учреждениях. Никогда при этом Флоренский не изменял ни своим убеждениям, ни священному сану, записав себе в назидание в 1920 году: «Из убеждений своих ничем никогда не поступаться. Помни, уступка ведет за собою новую уступку, и так — до бесконечности». До тех пор, пока это было возможно, то есть до 1929 года, Флоренский во всех советских учреждениях работал, не снимая подрясника, тем самым открыто свидетельствуя, что он священник. Флоренский ощущал нравственный долг и призвание в том, чтобы сохранить основы духовной культуры для будущих поколений.
22 октября 1922 года он вошел в комиссию по охране памятников искусства и старины Троице-Сергиевой лавры. В результате деятельности комиссии было описано огромное историко-художественное богатство Лавры и спасено национальное достояние. Комиссия подготовила условия для осуществления декрета «Об обращении в музей историко-художественных ценностей Троице-Сергиевой лавры», подписанного 20 апреля 1920 года Председателем Совнаркома В. И. Лениным.
В 1921 году Флоренский был избран профессором Высших художественно-технических мастерских. В период зарождения и расцвета различных новых течений (футуризма, конструктивизма, абстракционизма) он отстаивал духовную ценность и значимость общечеловеческих форм культуры. Он был убежден, что деятель культуры призван раскрыть существующую духовную реальность.
«Другой взгляд, согласно которому художник и вообще деятель культуры сам организует что хочет и как хочет, субъективный и иллюзионистический взгляд на искусство и на культуру», в конечном итоге ведет к обессмысливанию и обесцениванию культуры, то есть к разрушению культуры и человека. Этим вопросам посвящены работы Флоренского «Анализ пространственности и времени в художественно-изобразительных произведениях», «Обратная перспектива», «Иконостас», «У водоразделов мысли».
Как и в юные годы, он убежден в существовании двух миров — видимого и незримого, сверхчувственного, лишь дающего о себе знать с помощью «особенного». Таким особенным являются, в частности, сновидения, которые соединяют мир человеческого бытия с миром запредельным. Свою концепцию сновидений Флоренский излагает в начале трактата «Иконостас». Это весьма важная для Флоренского идея обратного течения времени.
«В сновидении время бежит, и ускоренно бежит навстречу настоящему, против движения времени бодрственного сознания. Оно вывернуто через себя, и, значит, вместе с ним вывернуты и все его конкретные образы. А это значит, что мы перешли в область мнимого пространства».
Еще в 1919 году он публикует статью «Троице-Сергиева Лавра и Россия» — своего рода философию русской культуры. Именно в Лавре Россия ощущается как целое, здесь наглядное воплощение русской идеи, предстающей как наследие Византии, а через нее — Древней Эллады.
История русской культуры распадается на два периода — Киевский и Московский. Первый состоит в принятии эллинства.
«За формированием извне женственной восприимчивости русского народа приходит пора мужественного самосознания и духовного самоопределения, создание государственности, устойчивого быта, проявление всего своего активного творчества в искусстве и науке и развитие хозяйства и быта».
Первый период связан с именем равноапостольного Кирилла, второй — преподобного Сергия.