Помимо занятий математикой Флоренский слушал лекции на историко-филологическом факультете, самостоятельно изучал историю искусства. «Мои занятия математикой и физикой, — писал он впоследствии, — привели меня к признанию формальной возможности теоретических основ общечеловеческого религиозного миросозерцания (идея прерывности, теория функции, числа). Философски же и исторически я убедился, что говорить можно не о религиях, а о религии, и что она есть неотъемлемая принадлежность человечества, хотя и принимает бесчисленные формы».
В 1904 году, после окончания университета, П. А. Флоренский поступает в Московскую духовную академию, желая, как он писал в одном из писем, «произвести синтез церковности и светской культуры, вполне соединиться с Церковью, но без каких-нибудь компромиссов, честно воспринимать все положительное учение Церкви и научно-философское мировоззрение вместе с искусством…»
Главным устремлением тех лет было познание духовности не отвлеченно-философски, а жизненно. Неудивительно, что кандидатское сочинение Флоренского «О религиозной истине» (1908), которое стало ядром его магистерской диссертации и книги «Столп и утверждение Истины» (1914), было посвящено путям вхождения в Православную Церковь. «Живой религиозный опыт, как единственный законный способ познания догматов», — так сам П. А. Флоренский выразил главную мысль книги. «Церковность — вот имя тому пристанищу, где умиряется тревога сердца, где усмиряются притязания рассудка, где великий покой нисходит в разум».
После окончания академии в 1908 году Флоренский был оставлен преподавателем на кафедре истории философии. За годы преподавания в МДА (1908–1919) он создает ряд оригинальных курсов по истории античной философии, кантовской проблематике, философии культа и культуры. А. Ф. Лосев отмечал, что Флоренский «дал концепцию платонизма, по глубине и тонкости превосходящую все что я читал о Платоне».
«В отце Павле, — писал С. Н. Булгаков, — встретились культурность и церковность, Афины и Иерусалим, и это органическое соединение само по себе есть факт церковно-исторического значения».
Вокруг Флоренского, который в 1912–1917 годах еще и возглавлял журнал «Богословский вестник», сложился круг друзей и знакомых, которые во многом определяли атмосферу русской культуры начала XX века. Революция не явилась неожиданностью для Флоренского. Более того, он много писал о глубоком кризисе буржуазной цивилизации, часто говорил о надвигающемся крушении привычных устоев жизни. Но «в то время, когда вся страна бредила революцией, а также и в церковных кругах возникали одна за другою, хотя и эфемерные, церковно-политические организации, отец Павел оставался им чужд, — по равнодушию ли своему вообще к земному устроению, или же потому, что голос вечности вообще звучал для него сильнее зовов современности» (С.