Предпринятая им попытка продать недостроенный дом, в котором он жил в Милфорде, и переехать во Францию не удалась, и последние годы Пирс жил на грани полной нищеты. Нередко он должен был забираться на чердак и втаскивать наверх приставную лестницу, чтобы спастись от осаждавших его кредиторов. Жена его была долгие годы больна, и Пирсу самому приходилось вести хозяйство носить воду, колоть дрова (когда они были), готовить пищу и убирать дом.
Пока был жив У. Джемс, он, по мере возможности, оказывал Пирсу материальную помощь, после смерти Джемса положение Пирса стало еще более тяжелым. Он не имел обыкновения жаловаться на свою судьбу, но в некоторых его письмах встречаются весьма красноречивые замечания об условиях его жизни. В его комнате бывало так холодно, что он едва мог писать. Несмотря на тяжелое положение, Пирс до самого конца мужественно боролся с прогрессирующей болезнью, с продолжающимся упадком сил.
Он пытался привести в систему свои логические идеи, чтобы сделать их доступными для читателей. «В настоящее время я отчаянно работаю, чтобы прежде, чем я умру, успеть написать книгу по логике, которая привлечет несколько хороших умов, через посредство которых я смогу принести действительную пользу».
«Я страдаю от ранней старости — писал Пирс в другом письме, — и, кроме того, последние годы были полны всевозможных забот. Это заставляет меня отчаянно стремиться придать моим логическим открытиям такую форму, в которой они могли бы быть полезными». Обычно Пирсу теперь приходилось работать только по ночам, и соседи нередко видели свет в его окне, горевший до самого утра.
«Если бы Вы знали — писал Пирс леди Уэлби 14 марта 1909 года, — как ужасно я переработался, каждую ночь засыпая в то время, когда мое перо еще царапает бумагу, и вскакивая каждое утро по звонку будильника». «Воздвигнуть здание философии, которое выдержало бы превратности времени» — так определил Пирс в 1898 году задачу и цель своих философских исследований в набросках для неоконченной книги «Попытка разгадать загадку».
Пирс продолжал «Замысел, осуществление которого начинает эта книга, состоит в том, чтобы создать философию, подобную философии Аристотеля, иначе говоря, начертать контуры такой всеохватывающей теории, чтобы в течение долгого времени вся работа человеческого разума в философии всех школ и видов, в математике, в психологии, в физической науке, в истории, в социологии и в любых других областях, каковы бы они ни были, состояла в заполнении ее деталями». Наличие столь грандиозного замысла подтверждается не только прямыми заявлениями Пирса, но и вынашивавшимися им планами и проспектами тех сводных работ (например, двенадцатитомных «Начал философии»), в которых он намеревался изложить систему своих взглядов. Однако создать цельную систему ему не удалось. Своей метафизикой, и в частности, учением об эволюции Пирс несомненно предвосхитил ряд идей Бергсона, представителей эмерджентной эволюции, а также Уайтхеда, хотя фактическая связь между этими философами и Пирсом не вполне ясна.