С точки зрения обычных университетских стандартов Пирс был нежелательной фигурой. Он совершенно не мог приспособиться к монотонной университетской жизни, нарушал заведенные порядки, пропускал занятия, а во время лекций совершенно не заботился о понятности и систематическом характере изложения.
Уильям Джемс, верный друг и покровитель Пирса, оказавший ему множество услуг, в 1894 году писал: «Что касается Чарлза Пирса, то это наиболее удивительный пример таланта, не способного сделать карьеру. Он человек настолько уже сформировавшийся, с довольно устойчивыми полубогемными привычками, но без привычки к преподаванию, что было бы рискованно дать ему назначение. Я не уступлю никому в восхищении его гениальностью, но у него склонный к парадоксам и необщительный ум, и он не заботится о том, чтобы ладить с людьми, с которыми он общается. При всей этой любопытной мизантропии в его характере есть черты чувствительности и мягкости, но столь незначительные, что они всегда удивляют меня, когда я с ними встречаюсь. Все же он гений, и я с жадностью ожидаю результатов его работы».
Как педагог Пирс всегда делал ставку на небольшую группу избранных, наиболее одаренных слушателей, которые могли легко схватывать разбрасываемые им намеки и самостоятельно развивать их дальше. Он, видимо, совсем не интересовался основной массой рядовых студентов. Эта же черта проявлялась и в его общении с людьми. Еще в доме своего отца Пирс с детства привык встречаться с наиболее видными учеными и другими знаменитостями того времени.
В последствии не без доли тщеславия он вспоминал, что «все ведущие ученые, в особенности астрономы и физики, посещали наш дом», и подробно перечислял именитых друзей его семьи. Пирс хорошо себя чувствовал только среди тех, кого он считал в интеллектуальном отношении по меньшей мере равными себе. И в личных отношениях, и в научной работе он ориентировался на своего рода духовную аристократию. Сочетание академического аристократизма и бостонского снобизма не было случайной и незначительной чертой характера Пирса, но особенностью всего его подхода к научной работе, тесно связанного с пониманием природы и задач научного познания вообще.
В частности, Пирс не разделял традиционного представления о назначении университета как учреждения, целью которого должно быть обучение студентов. В статье, написанной в 1891 году, Пирс определял университет как «объединение людей для научных занятий», для выработки методов научных исследований и открытий. Задача университета, по мысли Пирса, должна состоять не в сообщении студентам определенной суммы сведений, а в развитии у них способности самостоятельно решать проблемы, выдвигаемые жизнью. Подобные взгляды воспринимались администрацией университетов чуть ли не как покушение на самые устои университетской жизни.
Потеряв надежду на получение профессуры, Пирс продолжал службу в Береговом и геодезическом управлении, посвящая свободное время разработке своих логических и философских идей. После получения небольшого наследства он в 1891 году вышел в отставку и поселился в маленьком городке Милфорде, где и провел почти в полном уединении последние двадцать лет своей жизни.
В конце 1890-х годов Пирс был уже далек от своих прагматистских идей двадцатилетней давности.