В августе 1899 года он отправляется в дальнюю дорогу, в Асхабад, к своему ученику Николаю Павловичу Петерсону. Осенью они совершают путешествие на Памир. Достигнув цели, Николай Федорович пишет — «У подошвы Паропамиза, на рубеже Ирана и Турана». Паропамиз — это горная система в Афганистане, северные предгорья которой заходят на территорию нашей страны.
Бодрящие впечатления от путешествия по древнейшим путям соединяются с глубокой историософией, с надеждой, что Россия, умиротворительница степи и кочевников, поможет победить пустыню, голод и смерть через всеобщую регуляцию этого края и станет воистину «Новым Ираном».
В начале 1900 года Николай Федорович уезжает из Асхабада. Отъезд омрачен очередной ссорой гостя с хозяином. И в этом году, кроме июльской публикации двух статей Петерсона «К вопросу о лучшем устройстве нашей школы», в форме рецензии на книгу воронежского писателя Евгения Марсова «Грехи и нужды нашей школы» (1900), — кстати, хорошего знакомого и Петерсона, и Федорова, — ничего не появляется. Но с середины следующего года наступает настоящий бум вокруг федоровских идей (поданных, естественно, анонимно).
3 и 5 июня «Асхабад» публикует в подвале второй и третьей страницы на половину листа большую статью Федорова «Разоружение. Как орудие разрушения превратить в орудие спасения» — перепечатка из «Нового времени» от 14 октября 1898 года. Это одна из важных работ Федорова, в ней изложены его проекты регуляции природы, превращения армии в естествоиспытательную силу и т. д., но в ней еще нет речи о главном — о воскрешении и преображении умерших. И вот с 6 июля в пяти номерах «Асхабада» печатается большая работа Федорова «Самодержавие», где уже прямо была высказана главная Идея.
Именно «Самодержавие» стало, наконец, той бомбой, что взорвала спокойствие, вежливое равнодушие, царившее до этого по отношению к первым, частичным обнаружениям идей «общего дела». Интересно, что, несмотря на всю остроту полемики, по мере все большего прояснения федоровских идей, даже самые резкие противники начали склоняться к признанию их важности и необходимости систематического их представления.
Последние годы жизни Федорова были и необычайно плодотворны (почти все работы, входящие в 3-й том его сочинений, написаны тогда), и особенно трудны. Хотя Федоров сохранял большую умственную энергию, физическое его здоровье ухудшалось. Но главное — он ощущал почти полное духовное одиночество.
Самым значительным его последователем, кроме Петерсона, был Владимир Александрович Кожевников, ученый, философ и поэт, человек обширнейших и разносторонних знаний, в совершенстве владевший восемью языками.
Николай Федорович скончался 15 декабря (по старому стилю) 1903 года в Мариинской больнице для бедных.