Драматическим событием в жизни Фихте, как и других его соотечественников, оказалось поражение немцев в войне с французами и оккупация Берлина Наполеоном. Осенью 1806 года Фихте оставил Берлин и переехал в Кенигсберг, где работал до весны 1807 года. Однако семья философа оставалась в Берлине, и в конце лета он вынужден был вернуться. В декабре Фихте читал в оккупированном Берлине свои знаменитые «Речи к немецкой нации», в которых взывал к национальному самосознанию немцев, побуждая свой народ к единению и борьбе против оккупантов. Это был гражданский подвиг мыслителя, требовавший большого мужества.
Нервное напряжение подорвало силы Фихте, и весной 1808 года он заболел. Болезнь была длительной и тяжелой, Фихте долго не мог работать. Но, когда в 1810 году вновь открылся Берлинский университет, он согласился принять предложенную ему должность декана философского факультета. Вскоре его избрали ректором университета — должность, которую было нелегко исполнять такому прямому, темпераментному и лишенному «дипломатических» качеств человеку, каким был Фихте. Уже через полгода он подал прошение об отставке, которая была ему дана весной 1812 года.
Поражение наполеоновских войск в России открывало наконец немцам возможность освободиться от французской оккупации. Патриотический подъем вдохновлял Фихте. Именно осенью 1812 года он занялся новой переработкой наукоучения, написал сочинения «Об отношении логики к философии, или О трансцендентальной логике», «Факты сознания», «Вводные лекции в наукоучение». Однако творческий подъем продолжался недолго. В начале 1814 года жена Фихте, в течение нескольких месяцев ухаживавшая в госпитале за больными и ранеными, заболела тифом, Иоганн Готлиб заразился от нее и скончался 29 января 1814 года.
За 51 год Фихте благодаря своей неуемной энергии и трудолюбию сделал поразительно много Тем не менее многие замыслы философа остались неосуществленными, смерть слишком рано унесла его в могилу. На могильном памятнике его написаны библейские слова «Учителя будут сиять подобно небесному свету, а те, кто указывает путь к добродетели, — подобно звездам всегда и навеки».
Жизнь Фихте строилась на тех же принципах, что и его учение он не признавал никакого дара, все хотел получить только деятельностью, трудом, самопреодолением. Здесь философ был последователен он сам жил так, как учил жить других. Система Фихте оказалась очень сложной и непонятной для читателей, что вызвало его раздражение, сопровождаемое свойственным ему авторитаризмом. Отец Людвига Фейербаха Ансельм однажды написал «Я заклятый враг Фихте и его философии как отвратительнейшего насилия суемудрия, изувечивающего разум и выдающего за философию вымыслы разнузданной фантазии».
Фихте создает новую форму идеализма — спекулятивный трансцендентализм. Парадоксально, но факт в некоторых отношениях его наукоучение оказалось ближе к Спинозе, которого немецкий философ считает своим антиподом, чем к Канту, которого он объявляет своим учителем.