Молодых слушателей увлекал пафос Фихте, резко критиковавшего старые феодальные порядки во имя разума и свободы. «Всякий, считающий себя господином других, сам раб. Если он и не всегда действительно является таковым, то у него все же рабская душа, и перед первым попавшимся более сильным, который его поработит, он будет гнусно ползать… Только тот свободен, кто хочет все вокруг себя сделать свободным.»
Кроме публичных, Фихте читал и курс частных лекций, предназначенных уже не для широкой публики, а для студентов, которым он излагал содержание своей системы. Программа этого курса была предварительно подготовлена и напечатана под заголовком: «О понятии наукоучения, или так называемой философии». Лекции Фихте составили содержание его важнейшего сочинения первого периода — «Основы общего наукоучения», которое печаталось отдельными листами по ходу чтения лекций и было предназначено для слушателей. Несмотря на то, что наукоучение было весьма трудным для понимания и вызывало много вопросов не только у студентов, но и у коллег-философов, дидактический дар и ораторское искусство Фихте облегчало восприятие сложного построения.
В 1795 году Фихте вместе со своим другом Ф. И Нитхаммером, тоже профессором философии в Йене, стал издавать «Философский журнал общества немецких ученых», в котором публиковались многие работы самого Фихте и близких ему философов. Йенский период в творчестве философа был очень продуктивным: им был написан ряд исследований, в том числе две большие работы — «Основы естественного права согласно принципам наукоучения» (1796) и «Система учения о нравственности согласно принципам наукоучения» (1798). В этих произведениях получили свое обоснование и развитие те идеи, контуры которых были намечены в сочинениях, посвященных Французской революции. Его известность и влияние росли. Выдающиеся умы стали приверженцами наукоучения, среди них — Карл Рейнгольд, уже знаменитый философ, и молодой Фридрих Шеллинг.
Фихте завоевал уважение и признание таких людей, как Гете, Якоби, Вильгельм фон Гумбольдт, братья Фридрих и Август Шлегели, Шиллер, Тик, Новалис. Романтики Йенской школы создавали свои культурно-исторические и эстетические теории под непосредственным влиянием наукоучения. И материально Фихте теперь тоже был обеспечен. Вначале, правда, его жалованье сверхштатного профессора не превышало 200 талеров в год: на его приватный курс записалось сначала только 26 студентов. Однако к концу первого семестра число слушателей возросло до 60, а во втором семестре — до 200. Вместе с гонорарами за свои сочинения философ получал теперь до 3000 талеров в год; часть денег он отсылал родственникам в Рамменау, а в 1797 году смог даже купить себе дом в Йене. Однако кипучая деятельность молодого профессора была неожиданно прервана.
В Йенском университете у Фихте из-за его бескомпромиссности было и немало противников, в особенности после того, как он утратил поддержку Канта.