В 1688 году наступила развязка, положившая конец монархии Стюартов, а заодно и скитаниям Локка. Совершилась так называемая «славная» революция 1688 года — Вильгельм Оранский был провозглашен королем Англии на условиях резкого ограничения его власти парламентом. Были заложены основы того политического режима конституционной монархии, который существует в Англии и поныне. Локк, принимавший активное участие в подготовке переворота 1688 года, в начале 1689 года возвращается на свою родину.
И вновь наряду с правительственной службой он ведет широкую научную и литературную деятельность. Его можно увидеть и в Королевском обществе, и в клубе сторонников религиозной веротерпимости, и за беседой с И. Ньютоном. Первой его печатной работой, изданной в Англии в 1689 году, было «Письмо о веротерпимости». Затем издаются «Опыт о человеческом разуме», «Два трактата о государственном правлении» и «Второе письмо о веротерпимости» (1690), «Третье письмо о веротерпимости» (1692), «Некоторые мысли о воспитании» (1693), «Разумность христианства» (1695) с продолжением в виде полемических дополнений.
Первый «Трактат» о государственном правлении посвящен критике феодально-теократической концепции божественного происхождения власти короля, изложенной в книге Р. Филмера «Патриарх, или Естественная власть королей» (1680). Во втором «Трактате» Локк теоретически оправдывает тот политический переворот, который имел место во время «славной» революции.
В «Письмах о веротерпимости» и «Разумности христианства» он отстаивает идею отделения церкви от государства и религиозную веротерпимость. Она предполагает необходимость разделения между гражданской и религиозной сферами. Гражданская власть не может устанавливать законы в религиозной сфере Что же касается религии, то она не должна вмешиваться в действия гражданской власти, осуществляемой общественным договором между народом и светским государством.
Появление в свет «Опыта «произвело настоящую сенсацию в Англии. Правительство предложило Локку должность министра торговли и колоний Он занимал это место до тех пор, пока его расстроенное здоровье не потребовало удаления из Лондона. Припадки застарелой болезни, астмы, настолько усилились, что принудили его просить отставки у короля. Эта просьба очень огорчила Вильгельма. Король часто беседовал с философом о государственных делах и высоко ценил его советы. Локк как нельзя лучше воспользовался доверием короля и в одном из таких задушевных разговоров открыто высказал свое мнение об университетском образовании, которое в то время очень нуждалось в реформе, Локк объяснил королю также весь вред схоластического направления в науке.
Вильгельм Оранский, хотя и был ревностным кальвинистом, отличался большой терпимостью, полностью разделяя взгляды Локка на этот предмет.