Постоянные заботы о собственном здоровье рано привели Локка к изучению медицины. По свидетельству современников, он вскоре стал искусным врачом, но, не желая заниматься медицинской практикой, давал советы только друзьям. Локк соблюдал строгую диету. Он пил только воду и считал это верным средством продлить жизнь.
В 1666 году Локк познакомился с лордом Энтони Эшли, страдавшим непонятной болезнью. Поставив точный диагноз, Локк посоветовал лорду сделать операцию и тем самым спас тому жизнь. В знак благодарности лорд Эшли пригласил Локка погостить к себе на лето, а потом предложил ему поселиться в его доме навсегда. Локк принял это предложение и продолжал лечить лорда и всех членов его семьи. Обязанности домашнего доктора не мешали Локку продолжать занятия философией и естественными науками. Благодаря Энтони Эшли Джон заинтересоваться политикой и теологией. Одновременно продолжал заниматься наукой. В 1668 году Локка избирают членом Королевского естественнонаучного общества, а в 1669 году — членом Совета этого общества.
В конце 1667 года он пишет Бойлю: «Место, которое я теперь занимаю, удержало меня от совершения каких-либо дальнейших химических экспериментов, хотя я чувствую, что у меня руки чешутся, чтобы еще позаниматься этим делом». После знакомства и сближения с выдающимся врачом-новатором Томасом Сиднхэмом он начинает писать трактат «О медицинском искусстве» (1669), в котором приводит доводы в защиту экспериментального исследования заболеваний. Правда, этот трактат не был закончен.
В 1668 году Локк сопровождал во Францию графа и графиню Нортумберлендских. После смерти графа он возвратился в Англию ранее, чем предполагал, и снова поселился в доме лорда Эшли. Лорд поручил ему воспитание своего единственного сына. Локк ответственно отнесся к своей новой обязанности. Любопытно, что именно он подобрал красивую, добрую и умную жену своему питомцу.
По совету своих друзей в 1671 году Локк принимает решение осуществить тщательное исследование познавательных способностей человеческого разума и тех шагов, которые совершает «ум в своем движении к знанию».
«Однажды у меня собралось небольшое общество, пять-шесть человек, — писал Локк. — Зашел разговор о предметах, не имеющих ничего общего с содержанием книги. Наблюдая за развитием разговора и ходом мыслей, я заметил, что затруднения в выводах представлялись со всех сторон, и старался уяснить себе причину этого, причем нашел, что она кроется в недостаточном знакомстве с самими свойствами нашей познавательной способности. Я тотчас же сообщил эту мысль своим друзьям; они нашли ее справедливой и пожелали ей дальнейшего развития. Я тут же передал им, что в данную минуту думал об этом предмете, и возбудил в них большой интерес; они убедили меня заняться исследованием законов нашего мышления…»
Локк задумал написать книгу, рассчитанную на читателей, которые не довольствуются «ленивой жизнью на крохи выпрошенных мнений», а способны обратить «в дело собственные мыслительные способности для отыскания и исследования истины». Это был «Опыт о человеческом разуме».