Согласно Гоббсу, философия также отвергает все представления, основанные на сверхъестественном, теологию и астрологию, учение об ангелах. Философия основывается на доводах разума и отрицает божественное откровение. Таким образом Гоббс стал на позиции более последовательного материализма.
25 мая 1660 года король Карл II Стюарт торжественно въехал в Лондон. Правда, он возвращался в Англию не в качестве абсолютного монарха, так как обязался править страной совместно с парламентом. Однажды, проезжая по Стрэнду, он увидел на улице Гоббса, тут же велел остановить карету и сердечно приветствовал своего бывшего учителя, которого когда-то отказался удостоить аудиенции. Через неделю, позируя художнику, Карл принял Гоббса в своем кабинете и был настолько очарован его остроумием, что велел свободно пропускать Гоббса в свои покои. Позднее он даже заказал себе портрет Гоббса и назначил ему пенсию, которая, впрочем, не всегда регулярно выплачивалась.
Благоволение короля создало моду на Гоббса В разных слоях лондонского общества появились молодые люди, именовавшие себя «гоббистами». Эта по пулярность привлекла внимание парламента к персоне философа.
В 1660 году собравшийся после реставрации монархии парламент, естественно, оказался настроен весьма верноподданнически. И одним из самых важных стало его решение защищать англиканскую церковь и от нападок воинствующего протестантства, и от притязаний папства. Парламент лишний раз подтвердил мысль, которую укрепила в умах англичан революция верный роялист не может не быть верным сыном англиканской церкви. Именно в этом была причина злоключений Гоббса на склоне его лет.
Философа, не стесняющегося приписывать все смуты в государствах распущенности духовенства, едва ли кто-нибудь рискнул бы назвать верным сыном церкви. В то время как в близких ко двору кругах к основоположнику «гоббизма» относились с уважением, в клерикальных кругах его провозглашали злейшим врагом морали и религии. Однако вскоре отношение к Гоббсу со стороны правительства изменилось. Реакционные элементы, преобладавшие в окружении Карла II, стали добиваться восстановления прежних порядков.
Начались преследования не только республиканцев, но и сторонников протектората Кромвеля. Автору «Левиафана» дали понять, что его симпатии к лорд-протектору никем не забыты. Гоббсу припомнили и его призывы к повиновению государственной власти, установленной в результате победы революциями, и в особенности его критические выпады против церкви и духовенства. Философу, обвиненному в распространении ереси, пришлось защищаться.
Он пишет и публикует в 1662 году сочинение, в котором вынужден доказывать свою лояльность по отношению к монархии, религиозность и добропорядочность.
В1665 году в Лондоне вспыхнула эпидемия чумы, а в следующем году город сильно пострадал от пожаров. Церковники в бедствиях, постигших столицу, стали обвинять «безбожников», начали составлять списки «атеистических сочинений», подлежащих сожжению. В них был внесен и «Левиафан». Гоббс вновь был вынужден прибегнуть к самозащите. В двух небольших сочинениях (одно из них было посвящено истории ереси, другое — английскому праву) он стремится отвести от себя обвинения церковников и монархистов.
С этой же целью философ перерабатывает «Левиафана», который выходит в 1668 году в Амстердаме на латинском языке.