В1654 году книга Гоббса «О гражданине» была внесена в католический «Индекс запрещенных книг». Такая же судьба постигла и главное произведение Гоббса «Левиафан». Амстердамское издание «О гражданине» открывалось посвящением графу Девонширскому, ученику и покровителю Гоббса, сыну его покойного друга. Затем следовали два письма, адресованные французскому врачу и философу Сорбьеру, принявшему деятельное участие в переиздании книги Гоббса в Голландии. Автором одного из этих писем был Гассенди, другого — Мерсенн. В обоих письмах содержится самая высокая оценка сочинения Гоббса и личности философа.
«Я не знаю среди философов никого, — писал Гассенди, — кто был бы более свободен от предрассудков и более основательно вникал в то, что он рассматривает». Мерсенн характеризовал произведение Гоббса как «громадное литературное сокровище, обогащенное новыми мыслями, которые, разрешая отдельные трудности, прокладывают ровную и прямую дорогу». Известность Гоббса в философских кругах еще более возросла в результате его диспута о свободе и необходимости с епископом Бремхоллом. Последний, как и многие английские эмигранты, проживал в то время в Париже и считался одним из ведущих теологов.
В 1646 году в доме графа Ньюкасл, с которым Гоббс давно уже поддерживал дружеские отношения, состоялся диспут. Участники его придерживались двух противоположных точек зрения: Бремхолл отстаивал религиозное учение о свободе воли, Гоббс же выступал как убежденный детерминист. После окончания диспута Гоббс по просьбе хозяина дома изложил свои взгляды в письменном виде, но настаивал на сохранении рукописи в тайне. Однако копии этой рукописи Гоббса все же получили распространение. В 1654 году она была даже издана без согласия автора. В ответ на это Бремхолл опубликовал свои возражения, что привело к возобновлению полемики между ним и Гоббсом. В 1656 году вся эта полемика была опубликована в Лондоне на английском языке.
В 1646 году в жизни Гоббса происходит еще одно важное событие. Очевидно, при содействии графа Ньюкасла он получает предложение стать преподавателем математики наследника английского престола принца Уэльского (будущего короля Карла II). Гоббс принимает это предложение, хотя и без особого энтузиазма. Впрочем, почетный пост не особенно обременяет философа, и большую часть своего времени он посвящает научной деятельности.
Продолжая разработку «Основ философии», Гоббс старался завершить первые две части намеченной системы — «О теле» и «О человека». Однако работа над рукописями подвигалась медленно, и прошло немало лет, прежде чем названные сочинения были опубликованы. Одной из причин такой задержки явилась тяжелая болезнь Гоббса, едва не стоившая ему жизни. Заболев в августе 1647 года, Гоббс около трех месяцев был прикован к постели. Он настолько плохо чувствовал себя, что распорядился передать все свои рукописи парижским друзьям, с тем чтобы они были изданы после его смерти.