Отказавшись от гипноза, Фрейд начинает использовать метод свободных ассоциаций. Пациент, находясь в полном сознании, рассказывал психоаналитику все, что ему приходит в голову, не скрывая ни единой мысли. Он говорил даже то, что ему самому казалось совершенно бессмысленным, даже то, что ему было стыдно или неприятно говорить.
Собирая этот материал, Фрейд сделал наблюдение, которое сыграло значительную роль в выстраивании его психоаналитической концепции. Он обнаружил, что в процессе изложения истории болезни у больных обязательно возникают изъяны воспоминаний: нарушение причинности событий, забывание фактов и временных соотношений. Из этого Фрейд сделал вывод, что амнезия является результатом так называемого вытеснения. Это своеобразная психологическая защита против лечения, а мысли, приходящие при этом в голову, являются отражениями бессознательных душевных движений.
Бессознательное, по Фрейду, — это нереализованные влечения, которые в связи с требованиями общепринятых норм не допускались в сознание, вытеснялись. По мнению ученого, оно обнаруживает себя в оговорках, ассоциациях и сновидениях. Таким образом, считал он, чтобы проникнуть в бессознательное, совсем необязательно погружать человека в гипнотическое состояние, достаточно лишь умело использовать его ассоциации.
В работе «Три очерка по теории сексуальности» Фрейд рисует модель социализации, которая сводится к прохождению человеком нескольких стадий развития сексуальности — от оральной фазы к генитальной. Одной из важнейших и самых интересных с точки зрения психоанализа представляется так называемая фаллическая стадия. Именно в это время (в возрасте 3—6 лет) у ребенка наблюдается появление сексуального влечения к родителю противоположного пола — Эдипов комплекс (по аналогии с персонажем греческой мифологии царем Эдипом, который убил своего отца и сожительствовал с матерью).
К родителю «своего» пола ребенок испытывает амбивалентность (двойственность) чувств, т.е., с одной стороны, ревность, с другой — всячески стремится подражать ему. В процессе социализации Эдипов комплекс подвергается репрессии и вытеснению, и ребенок переходит на более высокую ступень социализации.
Изоляция, в которую был погружен Фрейд, «блестящая», по мнению самого ученого, прекратилась в 1902—1903 гг., когда вокруг него начали собираться единомышленники, составившие в 1908 г. Венское психоаналитическое общество. Популярность Фрейда постепенно возрастала, и в 1909 г. он был приглашен вместе с К.Г. Юнгом в США для чтения лекций. После встречи с американцами ученый иронично заметил: «Эти люди и не подозревают, что я привез им чуму».
По мере развития теории психоанализа у Фрейда возникает теория о модели личности, как взаимосвязи трех структур: «Я», «Сверх-Я» и «Оно». «Я», или «Эго», — это наиболее связная организация психических процессов в личности, которая осуществляет приспособление ее к реальности. «Оно» являет собой средоточие бессознательных желаний, являющее собой основу для «Я».