Столкновение их с внешним миром порождает конфликт, который, разрешаясь, благотворно действует на психику ребенка. Игнорирование или же полное отсутствие таких желаний ведет к социальной дезадаптации, истеричности и неврозам.
Эти идеи были отражены в первой книге А. Фрейд «Введение в технику детского психоанализа», которая была составлена из четырех лекций. Это яркий пример того, как было написано большинство трудов Анны: сначала тема излагалась ею на лекции или симпозиуме, а затем уже в книге.
В это же время Анна вступила в полемику с Мелани Кляйн, также занимавшейся детским психоанализом Отличительной чертой теории Кляйн было то, что она исследовала особенности детской психики, пользуясь всеми законами «взрослого» психоанализа. Фрейд же считала, что внутренние психические инстанции формируются постепенно, а следовательно, эти законы неприменимы для психоанализа детей. Со временем этот спор превратился не просто в отстаивание собственного мнения двумя учеными, а в разделение всего детского психоанализа на две школы.
В 1937 г. вышла в свет книга Анны Фрейд «Эго и механизмы защиты». В ней Анна составила каталог эго-защит (таких, как вытеснение, формирование реакции, проекция, идентификация с агрессором и т.д.) и описала их проявления. Она описала не только защиты, порождаемые внутренним, структурным конфликтом, но и конфликтом «эго» с окружающим миром (отрицание). Подчеркивая центральную роль «эго» и адаптивное значение эго-защит, Анна Фрейд открыла дорогу развитию эго-психолОгии — одному из основных направлений современного психоанализа.
Когда к власти в Германии пришел Гитлер, ученые начали покидать Вену, но Зигмунд Фрейд, отягощенный болезнью, не мог решиться на переезд. 11 марта 1938 г. гитлеровские войска вошли в Вену, а 22 марта Анну уже вызвали на допрос в гестапо. Позже она вспоминала, что это был самый страшный день в ее жизни, опасаясь пыток, она даже взяла с собой яд. Этот день произвел на нее такое сильное впечатление, что позже Анна избегала бывать в Германии. 4 июня семья Анны выехала в Париж, а затем и в Лондон, где ее отец прожил всего лишь год.
Во время войны Анна помогала английским детям — жертвам бомбежек, а в 1939 г. создала приют для таких детей. Работая с ними, она на практике изучала различные особенности детской психики, в частности то, как формируется психика ребенка при разлуке с матерью и какова реакция детей на жизнь в коллективе, где роль родителей выполняют старшие товарищи Результаты этих исследований Анна публиковала в своих «Ежемесячных отчетах».
В 1944—1949 гг. Анна была генеральным секретарем Международной психоаналитической ассоциации. Она всегда очень ревностно относилась к творчеству отца.