В книге просматривалась близость Сеченова к революционно-демократической интеллигенции (дружба с Чернышевским), что и послужило причиной для возникновения разных слухов. По одному из них, Сеченов являлся прототипом доктора Кирсанова — одного из героев романа Чернышевского «Что делать?».
Сеченов начал строить свою психологическую систему, основываясь на понятии «рефлекса». Он делает набросок «мозговой машины», понимая под ней не простое передаточное устройство внешнего раздражителя на движение, а механизм, снабженный несколькими центральными придатками (всего их — четыре), от действия которых и зависит конечный эффект внешнего импульса. Эта «машина», по Сеченову, способна объяснить основные свойства человеческого поведения.
Безусловно, эта модель Сеченова была заметно откорректирована впоследствии, но главное было сделано — намечен новый естественно-научный способ объяснения психических актов, выступивших как действия «мозговой машины», а не бессубстратной души.
Сеченов надеялся, что благодаря научным представлениям о мозге удастся «создать» людей-«рыцарей», которые обязательно будут совершать только высоконравственные поступки с неотвратимостью зрачкового рефлекса на свет. Это была «сциентистская» иллюзия, которая отражала социальный смысл экспериментов Сеченова над мозгом.
После первого психологического трактата Сеченов опубликовал «Физиологию нервной системы» (1866) и «Физиологию органов чувств» (1867) Последняя работу направляла мысль Сеченова непосредственно в область психологии, где на рубеже 70-х гг. XIX столетия происходили события, которые привели к независимости этой науки и от философии, и от физиологии.
Против Сеченова выступил профессор-юрист К. Д. Кавелин в книге «Задачи психологии», отвечая на которую Сеченов наметил свой план построения психологии как опытной науки в статье «Кому и как разрабатывать психологию». Кавелин вместе с другими противниками Сеченова истолковывал его позицию так, словно он лишает психологию самостоятельности, превращая ее в придаток физиологии. Сам Сеченов за основу своей программы принял постулат о «родственности» психического и физиологического «по способу происхождения», т.е. по механизму совершения. Такая ориентация дала психологии ее основную аксиому, которую Сеченов сформулировал так' «Мысль о психическом акте как процессе, движении, имеющем определенное начало, течение и конец, должна быть удержана как основная». Содержание же психологии составляет ряд учений «о происхождении (протекании процесса) психических деятельностей».
По этой схеме Сеченова, психический акт, подобно нервному, имеет наряду с центральной фазой начальную и конечную, непосредственно соединяющие его с внешней средой. Триединый психический акт, по мнению Сеченова, принципиально неразделим. Это значит, что предметом психологического исследования должен быть процесс, развертывающийся не в сознании (в сфере бессознательного), а в объективной системе отношений, т.е. процесс поведения, начальную фазу которого составляют внешние влияния (эта идея является исходной для материалистических теорий).