В 1945 г С Л. Рубинштейн создал сектор психологии в Институте философии АН СССР и возглавил его. На базе этого сектора была организована первая психологическая лаборатория в Академии наук СССР.
В 1946 г Рубинштейн опубликовал второе доработанное и расширенное издание «Основ общей психологии», которое сыграло роковую роль в его жизни Психолог был обвинен в космополитизме, недопустимом для советского ученого, в «преклонении перед иностранщиной» и недооценке отечественной науки. В 1948—1949 гг. его сняли со всех постов, и последующие за этими событиями 5 лет стали годами осуждения всех его трудов.
Давление критики было огромно. Рубинштейна не печатали, и он посвятил это время работе над углублением теории деятельностного подхода, написал фундаментальную работу «Бытие и сознание», опубликованную только в 1957 г.
Последние несколько лет своей жизни ученый посвятил разработке концепции человека, изданной после его смерти, в 1973 г. в работе «Человек и мир» Проблема человека рассматривалась им на личностном, социально-философском уровнях, в психологическом и этическом аспектах. Основной проблемой для Рубинштейна стал в то время вопрос о сохранении этичности, способности к творчеству, индивидуальности личности в условиях, противоречащих ее достоинству, отрицающих ее право на выбор. Центр жизни ученый видел в конкретном человеке, личности, в ее жизненной борьбе и личностных победах.
Сергей Леонидович Рубинштейн умер в 1960 г Его педагогическая концепция стала важным этапом в развитии педагогики и психологии, так же как и его поздние теории человека. Сергей Леонидович Рубинштейн развивал гуманистическую концепцию личности, что в условиях сложившейся в стране идеологии было недопустимо Его творчество было подвергнуто осуждению, а все его заслуги и теории низложены Однако это не сломило дух ученого, а лишь наложило своеобразный отпечаток на его творчество.
.