В 1904 г. П.Б. Ганнушкин защищает докторскую диссертацию «Острая паранойя», написанную под руководством В.П. Сербского. После этого он начинает работать приват-доцентом кафедры душевных болезней Московского университета, читая курс «Учение о патологических характерах». В это время Петр Борисович занимается изучением проблем пограничной и социальной психиатрии. Он развивает учение о пограничных состояниях психического здоровья, начиная создавать так называемую малую психиатрию. Применяя динамический принцип, П.Б. Ганнушкин расширил понятие психопатии, определив ее как изменяющееся под влиянием окружающей среды личностное образование, а не застывшую аномалию одной из черт характера. Динамика возраста и социальных условий лежит в основе развития психопатии.
Всякое неблагополучие существования человека обязательно сказывается на его психическом здоровье. П.Б. Ганнушкин отметил, что чаще всего вспышки психопатии проявляются в подростковом возрасте. И здесь самым главным для дальнейшего благополучного влияния наличность является правильное воспитание. Условия жизни, общие социальные установки и правильно организованный труд — основные факторы, влияющие на течение психопатии.
В 1905 г Ганнушкин отправляется в Мюнхен на курсы усовершенствования по психиатрии в клинике Э. Крепелина, который способствовал развитию нозологического направления в психиатрии. После этого Ганнушкин стал сторонником его учения. В 1908 и 1911 гг. он вторично прошел эти курсы. В 1907 г. Петр Борисович посетил Парижскую психиатрическую больницу святой Анны, где ознакомился с методами профессора В. Маньяна, который придавал большое значение синдромологическому направлению в психиатрии. Э Крепелин выступал против этого направления, рассматривая психическую болезнь как закономерный биологический процесс. В нозологии он особенно важное значение придавал исходу болезни, при этом мало уделяя внимания симптомам
Многие, в том числе и В П. Сербский, выступали против учения Э. Крепелина. Когда В.П Сербский отказался вводить коллегиальное правление в клинике, усилились противоречия между ним и остальными врачами, а началось это как раз с игнорирования им учения Э. Крепелина. В 1906 г. третейский суд вынес решение о необходимости коллективного ведения дел в клинике. Профессор В.П. Сербский не согласился с этим решением и начал активно увольнять врачей, не поддерживавших его. В знак протеста из клиники добровольно ушло 20 сотрудников, среди которых было 7 врачей, в число которых входил и П.Б. Ганнушкин.
Следующий этап его профессиональной деятельности связан с Московской Алексеевской психиатрической больницей. П.Б. Ганнушкин работал там в качестве врача-ординатора до 1914 г. Практическая психиатрия имела для него очень важное значение. Вскоре после этого он организует издание журнала «Современная психиатрия», а также становится весьма влиятельным членом Русского союза психиатров и невропатологов.
В 1914 г.