Другой вспоминал «У каждого был свой невроз». Даже в этой атмосфере Фуко выделялся: и своей поразительной работоспособностью, и эрудицией, и злой ироничностью, с какой он высмеивал своих соучеников, придумывал им обидные прозвища и т. п., и постоянными задиристыми спорами. Вскоре он оказался окруженным почти всеобщей нелюбовью и заслужил репутацию свихнувшегося. Он замкнулся.
Проблема отношений с соучениками осложнялась и тем, что по традиции Высшей нормальной школы он жил в общежитии, в одной комнате с пятью другими студентами. Но к такому коллективному существованию этот одинокий, замкнутый, конфликтный юноша был совершенно не приспособлен. Жизнь превратилась в сплошное мучение.
В 1948 году он предпринял попытку самоубийства. После этого отец отвел его в госпиталь Св. Анны на прием к одному из известнейших тогда психиатров. Таким был первый контакт Фуко с психиатрическими институтами. Этот эпизод его жизни дал ему то преимущество, что он получил право на отдельную комнату.
Говоря о психической нестабильности и психологическом срыве молодого Фуко, нельзя обойти тему гомосексуальности, которую, впрочем, Фуко и сам иногда затрагивал в своих многочисленных интервью. В молодости он переживал свою гомосексуальность весьма тяжело. О том, что это позорно, говорило общественное мнение. В Высшей нормальной школе Фуко серьезно занимался психологией и психиатрией. Репетитором там был Жорж Гюсдорф, впоследствии известный своими работами по истории науки и истории западной мысли.
В то время он еще ничего не опубликовал, зато живо интересовался психологией. Он и организовал для своих учеников вводный курс психопатологии, включавший демонстрацию больных в госпитале Св. Анны и лекции выдающихся психиатров, например Жака Лакана.
Гюсдорфа сменил на посту репетитора Луи Альтюссер, впоследствии известный философ-марксист Он продолжил традицию организации для своих учеников лекций выдающихся психиатров и посещений госпиталя Св. Анны. С тех пор на много лет установилась дружеская связь между Фуко и Альтюссером.
В 1948 году в Сорбонне Фуко получил степень лиценциата по философии, в следующем году — такую же степень по психологии и одновременно диплом Парижского института психологии.
В 1952 году тот же институт выдал ему диплом по психопатологии. Он близко общался со швейцарскими психиатрами экзистенциалистской ориентации, работал психологом в госпитале Св. Анны. В связи с этой деятельностью он впервые переступил порог тюрьмы, принимая участие в обследовании больных заключенных.
В 1982 году в одном из интервью Фуко отвечал на вопрос, оставил ли у него госпиталь Св. Анны ужасное впечатление. «О нет, — сказал тогда Фуко — Это большой и совершенно типичный госпиталь, и я должен вам сказать, что он лучше, чем большинство крупных провинциальных госпиталей, которые я посещал впоследствии. Нет, в нем не было ничего ужасного. В этом-то все и дело. Если бы я проводил всю эту работу в маленьком провинциальном госпитале, я бы думал, что все эти изъяны вытекают из его географического положения и специфических проблем».
Когда в 1951–1955 годах Фуко сам преподавал психологию в университете города Лилля и в Высшей нормальной школе, он также водил слушателей своих лекций в госпиталь Св.