В итоге финансовая поддержка со стороны церковников прекратилась. Мартин проходит через первый в своей жизни экзистенциальный кризис, который он вполне обоснованно увязывает с происхождением из «мелкой среды». Потом он неоднократно будет возвращаться к теме «маленького человека», посягнувшего на разгадку «тайны великих». Например, в работах, посвященных поэзии Гельдерлина. Горечь от пережитой беспомощности и унижения Хайдеггер пронесет через всю жизнь. После отказа в стипендии разрыв с католиками все же не происходит. Хайдеггер, правда, обязан сдать экзамены за 1911–1912 учебный год, чтобы подтвердить свое право учиться в университете — теперь уже не теологии, а математическим и естественным наукам.
С 1912 года он получает государственную стипендию. Покровителем Хайдеггера, однако, опять становится теолог — на этот раз профессор Йозеф Зауер, преподаватель истории искусств и связанной с историей христианства археологии.
Занявшись математикой, логикой, химией, физикой (в частности, теорией относительности), Хайдеггер постигает новые для себя области знания. Его сразу захватывает проблема времени. Он слушает и лекции философов — в частности, Генриха Риккерта. Ему хочется писать работу о логической сущности понятия числа, однако он вынужден в обмен на финансовую поддержку требующих идейного послушания принять предложение католиков. Деньги ему выделяют по тем временам немалые (1000 марок в год), но и условие строгое: «Разрабатывать учение святого Фомы Аквинского и оставаться в пределах теологии».
В 1915 году Хайдеггера зачислили приват-доцентом на философский факультет. Уже год шла первая мировая война. Вызванного для прохождения военной службы, Хайдеггера подвергли основательному медицинскому осмотру и в конце концов отпустили из-за неврастении и болезни сердца. Правда, по законам военного времени ему приходилось заниматься цензурированием писем. Дело крайне неприятное, но об отказе не могло быть и речи. Однако фронт был далеко, война обходила стороной. Хайдеггер целиком погрузился в свои заботы и проблемы. А главное, он искал собственный путь в философии.
Хайдеггера с самой юности захватывали сочинения Ницше, Достоевский, Рильке, Тракль. Потом его кумиром стал еще и Гельдерлин.
В автобиографии, написанной в 1915 году, Хайдеггер рассказывает. «Изучение Фихте и Гегеля, усиленное обращение к «Страницам естественнонаучного образования понятий» Риккерта и исследованиям Дильтея, не в последнюю очередь лекции и семинарские занятия господина тайного советника Финке имели своим следствием то, что во мне разрушилась вызванная любовью к математике нелюбовь к истории. Я понял, что философия не должна односторонне ориентироваться только на математику, естествознание либо историю; правда, последняя — в виде истории философии — несравненно более плодотворна.