Итак, Ортега отправился в Германию в 1905 году, пробыл один семестр в Лейпциге, где занимался физиологией и психологией, штудировал три кантовские «Критики». Затем он ненадолго вернулся в Испанию, чтобы выхлопотать государственную стипендию для более длительного пребывания в Германии. В 1906–1907 годах он в течение одного семестра занимался в Берлине и около года — в Марбурге. В Берлине Ортега в основном работал в библиотеке, восполняя пробелы в познаниях, по 10–12 часов в сутки. Впоследствии, открыв для себя в конце 20-х годов труды В. Дильтея, он сожалел, что пропустил последние лекционные курсы и книги этого мыслителя, высказывавшего созвучные Ортеге идеи. Но в то время он находился под определяющим влиянием неокантианства.
В начале века Марбург оказался местом паломничества европейской молодежи, желающей получить настоящее философское образование.
Университетские годы в Марбурге — он был учеником Когена и Наторпа — подарили ему, по его собственным словам, по меньшей мере половину его чаяний и почти все его научное образование, приведя его в соприкосновение с наследием Канта. Дильтея он считал выдающимся немецким философом второй половины XIX века, и дильтеевская идея о связи между понятиями «жизнь» и «история» в значительной мере оказала влияние на его собственное творчество. Позднее Ницше и Бергсон направили его по пути философии жизни, и он пытался найти принципиальную основу жизни в области биологии. Претензиям естественных наук на исключительное господство он противится, и не только потому, что они оставляют в стороне трансцендентное. Философии здесь отдавали не только дни в университетских аудиториях и вечера в библиотеке, но и часы отдыха — ночи, когда вместе с Н. Гартманом и X. Хаймсетом Ортега обсуждал творения Парменида, Лейбница, Канта. Неокантианство было прекрасной школой, дисциплиной для ума. В дальнейшем Ортега трезво оценивал и ограниченность подхода своих учителей философия исчерпывалась теорией познания, узким оставался взгляд на историю философии — помимо Канта, в цене были Декарт, Лейбниц, Платон, но и они читались сквозь тексты Канта. В «Прологе для немцев» Ортега писал о Наторпе, что тот лет на 12–14 посадил Платона на хлеб и воду, подверг мучительнейшим истязаниям, чтобы Платон в итоге признался, что говорил он в точности то же самое, что и Наторп.
С 1908 года Ортега преподает философию, а в 1910 году получает кафедру метафизики в Мадридском университете, где и читает курсы лекций вплоть до 1936 года. Число учеников и последователей быстро растет, к началу 1930-х годов образуется «мадридская школа», просуществовавшая несколько десятилетий и сыгравшая огромную роль в развитии философской мысли в Испании и в странах Латинской Америки (куда эмигрировали после поражения Республики многие ученики Ортеги). Когда Ортега начинал свою деятельность, философии в испанских университетах попросту не существовало.
В этих условиях ему было не до «технических» сложностей: он занимался просветительством, пропагандой философии и в небольших университетских аудиториях, и в огромном здании театра (здесь он прочитал при огромном стечении публики курс «Что такое философия?»).