В 1913 году Швейцер с женой отплыли в Африку, по поручению Парижского миссионерского общества они должны были основать больницу при миссии в Ламбарене (Французская Экваториальная Африка, ныне Габон). Потребность в его услугах была огромной. Не получая медицинской помощи, туземцы страдали от малярии, желтой лихорадки, сонной болезни, дизентерии, проказы. В первые же девять месяцев Швейцер принял 2 тысячи больных. В 1917 году Швейцер и его жена, как германские подданные, были интернированы во Францию до конца первой мировой войны. В 1919 году у них родилась дочь Рена.
После освобождения Швейцер провел еще семь лет в Европе. Истощенный, больной, измученный необходимостью выплачивать долги по Ламбарене, он работал в муниципальной больнице в Страсбурге. Кроме того, он возобновил органные концерты. С помощью архиепископа Натана Сёдерблю Швейцер в 1920 году давал концерты и читал лекции в Упсальском университете и других местах.
В эти годы Швейцер развил систему этических принципов, которую назвал «Почтение к жизни». Свои взгляды он изложил в книгах «Философия культуры I: Упадок и возрождение цивилизации» и «Философия культуры II: Культура и этика», опубликованных в 1923 году». Определение этики представляется мне таким, — объяснял Швейцер — То, что поддерживает и продолжает жизнь, — хорошо, то, что повреждает и нарушает жизнь, — плохо. Глубокая и всеобщая этика имеет значение религии. Она и есть религия». Почтение к жизни, продолжал Швейцер, «требует от каждого жертвовать частицей своей жизни ради других».
Швейцер снова собирался в Ламбарене. Существовала одна важная проблема, которая долгое время ставила под вопрос планы Швейцера: его жене по состоянию здоровья была противопоказана Африка, не говоря уже о том, что ей надо было растить пятилетнюю дочь Рену. Супругам Швейцер пришлось принять суровое решение — о разлуке на долгие годы И только благодаря тому, что Елена понимала важность замысла своего мужа и, находясь в Европе, деятельно помогала ему во всем, Швейцеру удалось заново создать, а впоследствии и расширить прославившуюся на весь мир больницу в Ламбарене.
Совместно с Эммой Мартин она великолепно организовала постоянную помощь больнице из Европы. Таким образом, заслуга Елены Швейцер в осуществлении дела, которому посвятил свою жизнь ее муж, весьма велика.
В 1923 году, в Верхнем Шварцвальде, в городке Кенигсфельд, Швейцер построил дом для своей жены и ребенка. Он не хотел уезжать в Африку, пока дом не будет готов. Много времени провел он со строителями. Часто, засучив рукава, он и сам брался за работу. С неизменным рюкзаком на спине, он приезжал на велосипеде на строительную площадку, минуя французскую границу. В ту пору послевоенная Германия переживала период острейшей инфляции, и строители радовались куску мяса и даже хлеба куда больше, чем любому вознаграждению в обесцененных денежных знаках.
Отъезд в Африку был назначен на начало 1924 года. Вернувшись в Ламбарене, Швейцер нашел больницу в руинах. Его новая больница постепенно превратилась в комплекс из 70 зданий, в ее штат входили врачи и медсестры из числа добровольцев. Комплекс строился как типичное африканское селение, электричество было проведено только в операционные.