И тем не менее он видит и положительные результаты государственного и экономического строительства в эти годы, понимает, что большевистская власть — как это ни парадоксально — спасла саму российскую государственность, что авторитарная, деспотическая власть стала тем мучительным, но необходимым лечением, которое стянуло распавшиеся в результате революции и братоубийственной войны части страны, чтобы оживить их и привести, пусть насильственным путем, к новому единству и новой оформленности. «Сейчас исторически ясно, что, несмотря на многие грехи и ненужные — их разлагающие — жестокости, в среднем они вывели Россию на новый путь» (5 августа 1941 года).
Вернадский — один из самых крупных ученых в области, считающейся государством стратегической. В июне 1940 года, получив из США от сына сведения о работах по «новой ядерной энергии», именно Вернадский стал инициатором специальной академической комиссии, разработавшей национальную ядерную программу и представившей ее в правительство.
В годы войны Вернадского вместе со старейшими академиками эвакуируют в Боровое в Казахстане. Все происходящее он рассматривает с точки зрения дорогой ему идеи ноосферы. «Все страхи и рассуждения обывателей, а также представителей гуманитарных и философских дисциплин о возможной гибели цивилизации связаны, — считает с полной уверенностью ученый, — с недооценкой силы и глубины геологических процессов, каким является ныне нами переживаемый переход биосферы в ноосферу».
В Боровом Вернадский занимается уже делами финальными составляет «Хронику» своей жизни, историю зарождения и развития своих идей и практических дел. Он сознательно готовится к последнему переходу и так же последовательно и методично, как делал все в жизни, подводит под ней черту.
«В общем, я все время неуклонно работаю. Готовлюсь к уходу из жизни. Никакого страха. Распадение на атомы и молекулы. Если что может оставаться — то переходит в другое живое, какие-нибудь не единичные формы «переселения душ», но в распадении на атомы (и даже протоны). Вера Вивекананды неопровержима в современном состоянии науки. Атомно живой индивид — и я в том числе — о с о б о е я» (дневник от 27 декабря 1942 года).
Но его еще ждет одно тяжкое личное испытание 3 февраля 1943 года от внезапной болезни умирает его самый близкий друг и помощник, жена Наталья Егоровна, с которой они прожили душа в душу 57 лет. 12 марта этого же года Владимиру Ивановичу исполняется 80 лет. Его награждают орденом Трудового Красного Знамени и присуждают Сталинскую премию 1 степени — двести тысяч рублей.
Последняя статья мыслителя — «Несколько слов о ноосфере» — представляет собой не только конденсат его сокровенных верований, но и чрезвычайно емкий и ясный конспект научных идей и открытий, приведших к ноосферному видению в их логической и исторической последовательности. В «Правде» эта статья, носившая название «Что и зачем нам нужно знать о ноосфере», так и не появилась, зато в несколько расширенном виде вышла в научном издании «Успехи современной биологии» (1944) и на английском языке в журнале «Америкен сайентист» (1945) под заглавием «Биосфера и ноосфера».