Удивительно, что при такой занятости Владимир Иванович вел чрезвычайно интенсивную научную работу. В докладе на XII съезде русских естествоиспытателей и врачей он практически положил начало науке геохимии, сделав шаг к созданию обновленной картины мира, соответствующей данным науки XX века. «Развитие научной мысли… это или область жизни, или область искусства, или область философии».
Все изменилось внезапно. В начале 1911 года университетское начальство издало провокационный приказ о запрещении студенческих демонстраций. Аресты среди студентов вызвали возмущение ректората и профессоров — более 120 педагогов подали в отставку. Университет покинули Лебедев, Тимирязев, Вернадский, Зелинский и другие.
Через двадцать лет Вернадский возвращается в Петербург. В 1912 году его избирают академиком Российской Академии наук. Но начинается война. Несмотря на это, ученый развивает бурную деятельность по созданию первой в России радиохимической лаборатории. Побывав в Канаде (там проходил Международный геологический конгресс), Владимир Иванович серьезно задумывается о влиянии научно-технического прогресса на окружающий мир и о необходимости создания специальной комиссии по изучению естественных производительных сил.
К началу 1917 года в стране усиливается социальный кризис. В феврале на удивление быстро меняется власть. Вернадский как член Государственного совета подписывает телеграмму царю с предложением об отречении. Затем его карьера стремительно развивается следующим образом: профессор Московского университета; председатель комитета Министерства земледелия и комиссии по ученым предприятиям и научным учреждениям Министерства просвещения; заместитель министра во Временном правительстве.
В ноябре, опасаясь ареста и невозможности заниматься научной деятельностью, Вернадский уезжает на Украину. Работа над открытием продолжается. («Как не подвергаю я самокритике свою работу, все же в таком виде, мне кажется, природу никто не охватывал».)
Одновременно он включается в работу по организации Украинской Академии наук и становится ее первым президентом (1919). Владимир Иванович пытается развернуть исследования, борется за жизнь академии в период смены одной власти на другую, стремится собрать семью, разбросанную по югу России, защитить себя и свои работы, тяжело болеет тифом, продолжает преподавательскую деятельность и даже становится ректором Таврического университета в Симферополе.
В самые первые послереволюционные годы Вернадский остро переживает катастрофу русской государственности, разрушение культуры: «Я не могу себе представить и не могу примириться с падением России, с превращением русской культуры в турецкую или мексиканскую» (дневник от 30 августа 1920 года).