В сентябре 1864 года Ницше закончил обучение в Пфорте и после сдачи экзаменов возвратился в Наумбург. Решение продолжить учебу в Боннском университете он принял еще раньше. По желанию матери Фридрих обещал записаться в университете на теологическое отделение. 16 октября, после небольшого путешествия по Рейну и Пфальцу, Ницше вместе с Дейссеном приехали в Бонн.
После почти казарменных порядков Пфорты их полностью захватила вольная и безалаберная студенческая жизнь, пирушки и обязательные поединки на рапирах. Но очень быстро Ницше остыл к развлечениям и все чаще стал задумываться о переходе на отделение филологии, что и сделал осенью 1865 года. Он занимался в семинаре одного из лучших немецких филологов Фридриха Ричля и, когда наставник осенью перевелся в Лейпцигский университет, последовал за ним.
Однажды он случайно купил книгу Артура Шопенгауэра «Мир как воля и представление». Она так потрясла Ницше, что он две недели мучился от бессонницы. Только необходимость ходить на занятия, вспоминал Ницше, помогла ему преодолеть глубокий душевный кризис, во время которого он, по собственному признанию, был близок к помешательству. Идеи Шопенгауэра оказались чрезвычайно близки в то время Ницше. Они привели Ницше к размышлениям о том, что посвятить жизнь исполнению своего долга — напрасная трата сил и времени. Человек исполняет свой долг под давлением внешних условий, и этим ничем не отличается от животного, также действующего исключительно по обстоятельствам. Летом 1867 года Ницше познакомился с молодым студентом Эрвином Роде, ставшим его близким другом на всю жизнь. Он был немного моложе Ницше. Летние каникулы они провели вдвоем, пешком путешествуя по Богемскому лесу.
Осенью Ницше вынужден был временно прервать обучение и пройти год военной службы. Так он оказался во второй батарее полка полевой артиллерии, расквартированного в родном Наумбурге. Военную службу Ницше, еще не забывший строгие распорядки Пфорты, перенес довольно легко. Но однажды во время учений, садясь на лошадь, он сильно ударился грудью о переднюю луку седла. Ницше прошел чрезвычайно болезненный курс лечения в клинике знаменитого галльского врача Фолькмана и после пятимесячных страданий в августе наконец возвратился в Наумбург. Признанный негодным к службе в армии, Ницше возобновил обучение в университете. Он твердо решил вступить на стезю преподавательской деятельности.
Именно в то время произошло одно из наиболее значительных и судьбоносных событий в его жизни — знакомство со знаменитым композитором Рихардом Вагнером. Ницше погрузился в чтение эстетических произведений Вагнера «Искусство и революция» и «Опера и драма».
В декабре 1868 года в Базельском университете освободилась кафедра греческого языка и литературы.