В 1859 году Достоевскому разрешили вернуться в Европейскую Россию. Летом он переезжает с женой в Тверь, а в самом конце года — в Петербург. С этого времени происходит как бы второе его писательское рождение.
С начала 1860-х годов одно за другим выходят его произведения, которые снискали Достоевскому славу одного из гениев русской и мировой литературы, — «Записки из Мертвого дома» (1860–1862), романы «Униженные и оскорбленные» (1861), «Преступление и наказание» (1866), «Игрок» (1866), «Идиот» (1867), «Бесы» (1871–1872), «Подросток» (1875), «Братья Карамазовы» (1879–1880), повесть «Записки из подполья» (1864), рассказ «Кроткая» (1876) и др.
В. Зеньковский в «Истории русской философии» пишет: «Много раз уже указывалось, что под «эмпирической» тканью во всех этих произведениях есть еще иной план, который, вслед за Вяч. Ивановым, часто называют «метафизическим». Действительно, в главных «героях» Достоевского перед нами не только живая, конкретная личность, но в ее судьбе, во внутреннем Логосе и диалектике ее развития Достоевским прослеживается диалектика той или иной идеи. Философское, идейное творчество Достоевского искало своего выражения в художественном творчестве» — и мощь художественного дарования его в том и сказалась, что он в эмпирическом рисунке следует чисто художественному чутью и не подгоняет художественного творчества под свои идеи (как это мы постоянно, например, находим у Толстого)».
В 1861 году в Петербурге вместе со своим старшим братом Михаилом (который также был литератором — критиком и беллетристом) Достоевский основывает журнал «Время», программа которого заключалась в развитии новой идеологии «почвенничества» и в прекращении распрей между западниками и славянофилами. В объявлении о подписке на журнал было сказано: «Мы убедились, наконец, что мы тоже отдельная национальность, в высшей степени самобытная и что наша задача — создать себе форму, нашу собственную, родную, взятую из почвы нашей». «Мы предугадываем, что… русская идея, может быть, будет синтезом всех тех идей, какие развивает Европа». В числе сотрудников журнала «Время», кроме братьев Достоевских, были Ал. Григорьев и Н. Н. Страхов.
Летом 1862 года Достоевский впервые выехал за границу, побывал в Париже, Лондоне (где посетил Герцена), путешествовал по Германии, Швейцарии и северной Италии. Зимой 1862–1863 года в Петербурге он пережил страстное увлечение молодой писательницей А. П. Сусловой, в ее обществе (после того, как журнал «Время» 24 мая 1863 года был запрещен правительством) совершил летом 1863 года вторую заграничную поездку. Образ Сусловой воплотился в героине романа «Игрок».
С 1864 года братьям Достоевским было разрешено издавать новый журнал «Эпоха»; однако год этот оказался критическим для писателя: 15 апреля 1864 года умерла его жена, а 10 июля — старший брат М. Достоевский. После смерти брата Достоевский добровольно взял на себя его долговые обязательства, которые тяготели над ним почти до конца жизни. Неуспех «Эпохи» заставил Достоевского в феврале 1865 года прекратить издание, после чего он надолго остался без средств, преследуемый кредиторами.
В этот период творчества у Достоевского проявился вкус к публицистической форме.