В сентябре 1860 года Алексей Степанович отправился в свои рязанские имения, где, в частности, лечил крестьян от холеры. Заразился сам — и вечером 23 сентября опочил в своей деревне Ивановское. Его хоронили в серый осенний день, в Даниловом монастыре, пять или шесть родных и друзей, да два товарища его молодости.
После него остался ряд публицистических статей по самым разным проблемам несколько французских брошюр богословского содержания и много рукописей, частично разобранных и опубликованных его учениками. Русская мысль начала осваивать наследие Хомякова много лет спустя после его кончины — и лишь к концу XIX столетия, когда были, хотя и в относительной полноте, изданы основные его сочинения, когда отшумели бури «шестидесятнической» революционности и начала формироваться русская религиозная философия, — выявились действительные масштабы этой фигуры московского спорщика, щеголявшего в европеизированных салонах в зипуне и мурмолке. Но и здесь, в позднейшем осмыслении, не обошлось без парадоксов.
.