Для разгрома контрреволюции Конвент направил в Лион своих виднейших деятелей: Кутоиа, Колло д'Эрбуа, Фуше и других. Мятежники не смогли долго сопротивляться — город капитулировал.
Фурье арестовали, но ему удалось избежать наказания, и он решил вернуться к себе на родину, в Безансон. Здесь его ждал второй арест. После освобождения Фурье призвали на военную службу, где он приобрел репутацию преданного, честного и смелого защитника революционной Франции. Недавний торговец разработал план перехода войск через Рейн и Альпы, за что получил благодарность от генерала Карно. Возможно, Фурье ждала бы стремительная карьера военного, но в 1796 году по состоянию здоровья его освободили от службы.
И снова ему пришлось заняться торговым делом. Он получил должность приказчика в Марселе. Алчность купцов не знала пределов. Особенно потрясло Фурье решение его хозяина сбросить в море 60 000 пудов риса, которые он сгноил в выжидании повышения цен.
Фурье начал размышлять о причинах существующего зла, путях спасения человечества. Он оказался свидетелем того, как на трон политического господства взошла новая общественная сила — буржуазия. Молодой мыслитель делает вывод о том, что возникший буржуазный строй, прославленный философами и экономистами, находится в вопиющем противоречии с целями человеческого существования. Он задумывается о судьбах мира и разрабатывает идею «всемирного единства». К тридцати годам приходит решение стать социальным реформатором.
Это решение Фурье связывает с двумя фактами из своей жизни: потопление риса в Марселе и обедом в парижском ресторане, где ему подали яблоко, которое стоило почти в сто раз дороже, чем в Нормандии. Оба случая окончательно уверили его в несовершенстве «индустриального механизма» буржуазного строя. На склоне лет он утверждал, что ему, как и Ньютону, удалось благодаря яблоку открыть идею об «ассоциации». «В мире было четыре знаменитых яблока: два гибельных — яблоки Евы и Париса, из-за которого возникла Троянская война; два благотворных — Ньютона и мое».
Дело, разумеется, не в яблоке, хотя оно и могло «озарить» мыслителя. Весь социально-экономический уклад капитализма, властно вторгавшийся во все уголки Франции, уклад, который не признавал ничего, кроме богатства, разрушал все ради денег, не мог не возмущать человека, с детства не принимавшего ни зла, ни обмана, ни постыдной спекуляции. Сам того не замечая, он шел к социальному реформаторству.
Его первый проект социальных преобразований уложился в… 56 строк «Лионской газеты».
Познакомившись в декабре 1803 года с его статьей «Всемирная Гармония», читатели, люди состоятельные и благоразумные, пришли к выводу: господин Фурье не от мира сего. Он рассуждал о какой-то математической теории, о судьбах всех планет и их обитателе, о всемирной Гармонии, когда наступит всеобщее счастье, благоденствие, а весь земной шар составит одну только нацию, у которой будет только одна администрация.
Непонимание и насмешки по поводу «Всемирной гармонии», напротив, вызвали у автора желание оповестить мир о своем открытии.