Когда автор «Вертера» весной 1790 году сдал в печать «Опыт о метаморфозе растений», его издатель Гешен решительно отказался печатать это сочинение. Книга вышла у другого издателя и была встречена с враждебным холодом. Симптоматичным оказалось то, что отпор шел по единому фронту. Поэт должен был оставаться поэтом; даже в 1808 году, при встрече с Гёте, Наполеон приветствовал именно автора «Вертера», той самой «змеиной шкуры», которая давно уже была окончательно сброшена. В письмах Гете, в статьях и заметках, беседах и дневниках эта тема звучит неослабевающе, почти безутешно; впечатление таково, что боль и бессилие что-либо изменить доходят здесь до почти физической муки. «Более полувека я известен на родине и за границей как поэт, во всяком случае меня признают за такового; но что я с большим вниманием и старательностью изучал природу в ее общих физических и органических явлениях… это не так общеизвестно, и еще менее внимательно обдумывалось… Когда потом мой «Опыт», напечатанный сорок лет назад на немецком языке… теперь, особенно в Швейцарии и Франции, стал более известным, то не могли достаточно надивиться, как это поэт… сумел на мгновение свернуть со своего пути и мимоходом сделать такое значительное открытие».
«Я не похваляюсь тем, что я сделал как поэт, — часто говаривал Гёте, — превосходнейшие поэты жили одновременно со мной, еще лучшие жили до меня и будут жить после. Но то, что в наш век в многотрудной науке, занимающейся проблемами цвета, мне одному известна истина, это преисполняет меня гордости и сознания превосходства над многими».
Философское развитие Гёте шло от антипатии к школьной философии в лейпцигский период к пробуждению собственного философского мышления в страсбургский период и отсюда — к занятиям натурфилософией в первый веймарский период в полемике с Платоном, неоплатонизмом, Джордано Бруно и прежде всего со Спинозой. После путешествия по Италии у него появляется интерес к учению о цветах и к сравнительной морфологии («Опыт о метаморфозе растений», 1790).
Он вступает в принципиальную полемику с Шиллером по вопросу об отношении мышления и созерцания к идее, к «прафеноменам», занимается изучением кантовской философии, особенно «Критики практического разума» и «Критики способности суждения», а также романтики и творчества Шеллинга.