Между тем все увеличивается число публикаций, не только критикующих сочинения философа, но и призывающих к расправе с ним. «Систематическая библиотека» публикует статью, где говорится, что в «Анти-Сенеке» Ламетри утверждает «столь подстрекательские вещи», что «обязательно должен навлечь на себя и своих сторонников ужаснейшие преследования». Эта судьба скорее всего и постигла бы философа спустя несколько лет. милость короля — вещь весьма ненадежная, в чем Ламетри вскоре убедился. Но болезнь внезапно оборвала его жизнь.
После его смерти распространился слух, что он погиб от обжорства, объевшись трюфельным паштетом. На самом деле во время обеда у своего пациента, французского посла в Берлине Тирконнеля, Ламетри отравился присланным издалека паштетом. Немецкие врачи прописали рвотное. Ламетри же прописал себе кровопускания и горячую ванну. И врачи, и сам Ламетри считали, что это отравление. Однако сегодня симптомы болезни Ламетри позволяют предположить, что это был аппендицит или перитонит, от чего не могли спасти ни рвотное, ни кровопускание.
Когда страдания исторгли у Ламетри возглас «Иисус, Мария!», проникший в комнату больного священник обрадовался: «Наконец-то Вы хотите возвратиться к этим священным именам!» В ответ он услышал: «Отец мой, это лишь манера выражаться». Мопертюи тоже предпринял попытку вернуть умирающего в лоно церкви. Как ни плохо было в этот момент Ламетри, он нашел в себе силы возразить. «А что скажут обо мне, если я выздоровлю?» Вольтер пишет, что «он умер как философ», что разговоры о его покаянии на смертном одре — «гнусная клевета», ибо «Ламетри, как жил, так и умер, не признавая ни Бога, ни врачей».
Он умер в сорокадвухлетнем возрасте 11 ноября 1751 года. Через три недели одна из немецких газет опубликовала эпитафию, в которой говорилось:
«Здесь покоится де Ламетри, галльского происхождения; здесь осталось все его машинное заведение. Горячку он схватил при дворе; она его изъяла из мира, где после себя он оставил глупостей немало. Ныне, раз распалось его машинное тело, сумеет он на покое разумный вывод сделать. Разумный же вывод один: человек не состоит из машин».
Среди всех, кто писал о философе непосредственно после его смерти, теплые слова для него нашлись лишь у Мопертюи, Дезорме (в письмах, не предназначенных для опубликования) и у Фридриха II (в «Похвальном слове», зачитанном на собрании членов Академии и затем опубликованном). Мопертюи писал, что Ламетри был честнейшим и добрейшим человеком, что не только он, Мопертюи, но и «все, кто его знал, тоже любили его». Дезорме, актер, сблизившийся с философом еще во Фландрии и проведший подле него последние дни его жизни, писал о Ламетри как о человеке, «чьи познания вселяли надежду в больных и чья жизнерадостность была отрадой здоровых. Благородный, человечный, охотно творящий добро, искренний, он был честным человеком и ученым врачом».