В Ворбурге Спиноза снял комнату на Церковной улице у художника-коллегианта Даниила Тидемана. Здесь его посетили ученый Кристиан Гюйгенс, оптик и математик Иоанн Гудде, крупный политический деятель Голландии Ян де Витт и другие.
Спиноза оборудовал мастерскую и зарабатывал хлеб насущный шлифовкой оптических стекол. В свободное от физической работы время, вечером и ночью, он писал.
В 1651 году власть в Нидерландах была захвачена партией Яна де Витта, которого в 1653 году объявили «великим пенсионарием» Голландской республики, то есть президентом страны и руководителем ее внешней политики. Спиноза был его другом. «Великий пенсионарий» высоко ценил огромный ум и необычайный талант философа. Он часто совещался со Спинозой, прислушивался к его советам и обещал ему свое покровительство.
Чтобы отбить охоту у церковников вмешиваться в политику, де Витт принимал меры, направленные на подчинение церкви государству. В конце лета 1665 года глава нидерландского правительства нанес визит философу в Ворбурге и предложил дать бой церковникам.
В 1668 году Спиноза закончил «Богословско-политический трактат». Первое издание трактата печаталось в Амстердаме у Кристофора Конрада в 1670 году. На обложке было указано, что книга опубликована в Гамбурге в типографии вымышленного Генриха Кюнрата.
Ни одна книга до того времени не была таким грозным оружием политической и духовной борьбы, как «Богословско-политический трактат». В течение двух лет он выдержал четыре издания.
Спиноза заложил основы научной критики Библии. Исходя из концепции «двух истин», он считал, что для познания подлинной истины Библия имеет мало цены, так как авторитетом может быть только разум, а не Священное писание. Он доказывал, что Моисей не мог быть автором Пятикнижия. Книги были написаны не одним человеком и не для народа одной эпохи, но многими мужами различного таланта и жившими в разные века. Если бы мы пожелали сосчитать время, охваченное Писанием, то получилось бы две тысячи лет, а может быть, и гораздо больше. Спиноза также выявил много противоречий, повторений и разночтений в текстах различных книг Библии.
Причины религиозных суеверий Спиноза видел в страхе народа перед непонятными и таинственными силами природы.
В то же время Спиноза отрицал обвинения в атеизме, так как полагал, что его критика религии — это критика невежества и предрассудков. А настоящая религия основывается на достоверном знании. Между религией и суеверием то различие, писал он, что суеверие имеет своей основой невежество, а религия — мудрость.
Спиноза по праву считается основоположником научной критики Библии. Появившиеся в более позднее время лучшие труды по этому вопросу только развивали его положения.
В Ворбурге Спиноза часто болел: лихорадка по вечерам, кашель. Он никогда никому не жаловался. Но и без того было ясно, что философ унаследовал тяжелый недуг матери — туберкулез легких. Здесь, в этой деревне, без медицинского присмотра он погибнет. Под разными предлогами друзьям удалось убедить Спинозу в необходимости покинуть Ворбург. В 1670 году он поселился в столице Голландии, в доме ван Спика.
Он еще больше сблизился с Яном де Виттом.