Изучался и древнегреческий язык. Затем следовал трехгодичный курс философии. В первый год познавались логические труды Аристотеля. В течение второго года изучались физика и математика. И наконец, завершался трехгодичный курс, а с ним и все обучение усвоением основных идей аристотелевской «Метафизики». После окончания коллегии Декарт два года проводит в Париже, в традиционных для человека его круга занятиях, составлявших суть светского образа жизни балы, приемы, прогулки и пирушки. И вдруг Декарт исчез. Друзья узнали о его местопребывании случайно, несколько месяцев спустя он укрылся в пригороде Парижа, где изучал математику, овладевал искусством фехтования и упражнялся в верховой езде.
Он пришел к мысли, что единственным надежным орудием ума является сомнение. Он начал поиск с того, на чем другие поиск заканчивали. Надо довести сомнение до крайних границ, так, чтобы все сомнительное исчерпать. Вот тогда, быть может, и обнаружится нечто несомненное, точка опоры, прочное основание, на котором из подвергшихся критике материалов можно возводить новое здание. Это потребует предельного напряжения сил, духовных и физических. Значит, прежде чем покончить с сомнением, надо покончить с роковой сомнительностью собственного существования. Верховая езда и фехтование помогли ему одержать первую и важную победу — над самим собой, над собственной хилостью.
Намечены главные черты превращения школяра Ренэ Декарта в Ренатуса Картезиуса (так по латински звучит его имя), философа и естествоиспытателя новою типа. Декарт ставил перед собой задачу создать философию заново, утвердив ее на незыблемых основах несомненного знания. Он был абсолютно неудовлетворен всем корпусом знания, которое приобрел в колледже и которое отражало состояние философии в то время, и стремился пересмотреть все прошлые традиции, но в отличие от Бэкона обращался не к опыту, а к разуму.
Основой для преобразования философии считал математику и поэтому усиленно занимался ею. В 1617 году он становится волонтером нидерландской армии. Теперь он избавлен от постоянных напоминаний о карьере со стороны родителей и получает возможность путешествовать. К военной службе Декарт относится довольно прохладно.
10 ноября 1618 года Декарт случайно знакомится в голландском городке Бреда с местным ученым, «физико-математиком» И. Бекманом, встреча эта положила начало их многолетнему плодотворному сотрудничеству. Развернувшийся в ходе сотрудничества Декарта с Бекманом обмен запросами-проблемами на поверку оказывается диалогом двух только-только складывающихся голосов нового мышления — картезианского сомнения (про шедшего схоластический искус) и бекмановского физико-математического «сциентизма».
К концу пребывания в Голландии у Декарта возникает идея создания новой науки, науки, задуманной им в виде «Универсальной» или «Всеобщей Математики». В ее основу положено движение, понимание которого в корне отличается от понимания движения античными и средневековыми математиками и философами.