Бэкон увлеченно изучал природные явления. Он записывал рассуждения о происхождении ветров, о жизни и смерти, о звуке, о плотности тел. Популяризируя свои идеи, Бэкон написал книгу об утопическом государстве «Новая Атлантида» (опубликована посмертно в 1627 году). В этом произведении Бэкон описывает удивительные для его времени научно-технические достижения, преобразующие жизнь человека здесь и комнаты чудесного исцеления болезней и поддержания здоровья, и лодки для плавания под водой, и различные зрительные приспособления, и передача звуков на расстояния, и способы улучшения породы животных, и многое другое.
Несмотря на то что он придавал большое значение науке и технике в жизни человека, Бэкон считал, что успехи науки касаются лишь «вторичных причин», за которыми стоит всемогущий и непознаваемый Бог. При этом Бэкон все время подчеркивал, что прогресс естествознания хотя и губит суеверия, но укрепляет веру. Он утверждал, что «легкие глотки философии толкают порой к атеизму, более же глубокие возвращают к религии».
В последний год своей жизни Бэкон напечатал последнее, самое полное издание «Опытов» и перевод нескольких псалмов в стихах. О своем поэтическом таланте он и сам был невысокого мнения.
2 апреля 1626 года была холодная погода, шел снег Бэкон катался в экипаже с медиком короля, и ему пришла мысль испытать действие снега на предохранение от гниения органических веществ. Он вышел из экипажа и, купив у одной крестьянки зарезанную курицу, тут же собственноручно обложил ее снегом. По всей вероятности, от этого он простудился, причем заболел так быстро, что вынужден был остановиться в доме графа Арунделя. Он написал письмо графу, извиняясь, что поселился в его доме без спроса.
Это было последнее письмо Бэкона, в нем есть и такие строки «Я чуть было не подвергся участи Плиния, который умер, приблизившись к Везувию, чтобы лучше наблюдать извержение». В конце письма он сообщает графу, что опыт как нельзя более удался. Ему было тогда шестьдесят шесть лет.
Его похоронили в церкви Св. Михаила, где покоилась его мать. Бэкон не оставил посте себя потомства, жена пережила его и вышла замуж за другого. Один из его друзей поставил ему памятник из белого мрамора, на котором он представлен сидящим и погруженным в мыслительный процесс.
За пять месяцев до своей смерти Бэкон сделал распоряжения относительно своего имущества и своих сочинений и написал духовное завещание, в котором солидную сумму выделил на учреждение двух кафедр реальной философии в Оксфордском и Кембриджском университетах. В этом завещании Бэкон не забыл никого из своих друзей и позаботился наградить своих слуг. Он отказал также порядочную сумму леди Кук (урожденная леди Геттон) и ее двум детям. В дополнении к завещанию Бэкон лишил большей части наследства свою жену «вследствие уважительных и важных причин».
Бэкон был первым мыслителем, сделавшим опытное знание ядром своей философии. Именно Бэкон кратко выразил одну из основополагающих заповедей нового мышления: «Знание — сила». В знании, в науке Бэкон видел мощный инструмент прогрессивных социальных изменений. Для Бэкона природа выступает объектом науки, которая предоставляет средства человеку для упрочения его господства над силами природы.
Наука, согласно Бэкону, образует своеобразную пирамиду, основание которой составляют история человека и история природы.