В Виттенберге Бруно встретил самый радушный прием. Оказалось достаточным одного лишь заявления, что он, Бруно — питомец муз, друг человечества и философ по профессии, чтобы тотчас быть внесенным в список университета и получить, без всяких препятствий, право на чтение лекций. Бруно остался очень доволен приемом и в порыве благодарности назвал Виттенберг немецкими Афинами. Здесь, в центре лютеранской Реформации, Бруно прожил два года. Пользуясь относительной свободой преподавания, он мог в своих университетских лекциях излагать идеи, провозглашенные на диспутах в Оксфорде и Париже. В Виттенберге Бруно опубликовал несколько работ по Луллиевой логике и «Камераценский акротизм» — переработку и обоснование тезисов, защищавшихся им в коллеже Камбре.
Когда к власти в Саксонии пришли кальвинисты, ему пришлось покинуть Виттенберг. В прощальной речи 8 марта 1588 года он вновь подтвердил свою верность принципам новой философии. Прибыв осенью того же года в Прагу, Бруно опубликовал там «Сто шестьдесят тезисов против математиков и философов нашего времени», в которых намечался переход к новому этапу его философии, связанному с усилением математических интересов и разработкой атомистического учения.
В январе 1589 года Бруно начал преподавать в Гельмштедтском университете. Старый герцог Юлий Брауншвейгский, враг церковников и богословов, покровительствовал ему. После смерти герцога (памяти которого философ посвятил «Утешительную речь») Бруно был отлучен от церкви местной лютеранской консисторией. Положение его в Гельмштедте стало крайне неустойчивым. Постоянных заработков не было. Приходилось кормиться частными уроками. Денег не хватало даже на то, чтобы нанять возницу для отъезда из города.
Но впервые за многие годы философ был не одинок. Рядом с ним был Иероним Бесслер — ученик, секретарь, слуга, верный друг и помощник. Он сопровождал учителя в трудных странствиях по Германии, пытаясь оградить его от мелочных забот, а главное — переписывал его сочинения.
В эти последние годы на воле, как бы предчувствуя близкую катастрофу, Бруно работал особенно много и напряженно. Он готовил новые философские труды, которые должны были возвестить «философию рассвета» европейскому ученому миру.
К осени 1590 года философская трилогия была завершена. Неистовый Бруно был не только сторонником, пропагандистом и апологетом теории формборкского каноника, но и шел значительно дальше него, отказавшись от сохранившейся еще у Коперника сферы неподвижных звезд. Вселенная, заявлял Бруно, бесконечна и содержит бесчисленное множество звезд, одной из которых является наше Солнце. Само же Солнце — ничтожная пылинка в неограниченных просторах Вселенной. Бруно и ей, подобно Земле, приписывал вращательное движение.
Он учил также, что среди несметного множества звезд имеется немало таких, вокруг которых обращаются планеты, и наша Земля — не единственная, на которой возникла жизнь и обитают разумные существа. О каком антропоцентризме могла идти речь? Небо и Космос — синонимы, и мы, люди, — небожители.