Он рассчитывал вскоре вернуться обратно или, напротив, продолжить путь и навестить родные края — Голландию, Брабант, — но к концу лета решил остаться. Нет сомнения, что на него до крайности тяжело подействовала весть о казни Томаса Мора, клеветнически обвиненного в государственной измене и обезглавленного 6 июля 1535 года. По-видимому, он действительно ощутил, что жизнь кончена.
Эразм умер в ночь на 12 июля 1536 года в доме Иеронима Фробена, сына и наследника Иоганна Фробена. 18 июля он был со всеми возможными почестями погребен в кафедральном соборе Базеля.
Эразм был натурой тонкой, нежной, легко ранимой, испытывающей настоятельнейшую потребность в дружбе и согласии, ненавидевшей раздоры. Он легко и быстро сходился с самыми разными людьми. И вместе с тем он был обидчив, недоверчив, злопамятен, сварлив, и к старости эти качества развились до размеров почти маниакальных. Он нуждался в постоянной поддержке, одобрении, похвале, и в молодости, часто их лишенный, плакал до изнеможения, испытывал отвращение к жизни. Он ненавидел самодовольство и самовлюбленность, считая, как и Платон, этот порок источником всех бед. Он был мнителен и в прямом смысле слова — отчаянно боялся болезней, заразы. Бесстрашие в подобных делах, на его взгляд, — признак не мужества, но тупости.
Несмотря на слабое здоровье, Эразм был всегда в трудах. Писал он поразительно быстро, без перерыва, «единым духом», но почти никогда не перечитывал написанного, не делал никаких поправок эта часть дела вызывала в нем такую скуку, которую он не мог пересилить. Эразм был противником философии, как конструкции по аристотелевско-схоластическому типу, которая сосредоточивается на проблемах метафизики, физики и диалектики.
К этой форме философии Эразм преисполнен такого презрения, что в «Похвале глупости» даже пишет: «За ними следуют философы, почитаемые за длинную бороду и широкий плащ, которые себя одних полагают мудрыми, всех же прочих смертных мнят блуждающими во мраке. Сколь сладостно бредят они, воздвигая бесчисленные миры, исчисляя размеры солнца, звезд, луны и орбит, словно измерили их собственной пядью и бечевкой, они толкуют о причинах молний, ветров, затмений и прочих необъяснимых явлений и никогда ни в чем не сомневаются, как будто посвящены во все тайны природы-зиждительницы и только что воротились с совета богов.
А ведь природа посмеивается свысока над всеми их догадками, и нет в их науке ничего достоверного. Тому лучшее доказательство — их нескончаемые споры друг с другом. Ничего в действительности не зная, они воображают, будто познали все и вся, а между тем даже самих себя не в силах познать и часто по близорукости или по рассеянности не замечают ям и камней у себя под ногами. Это, однако, не мешает им объявлять, что они, мол, созерцают идеи, универсалии, формы, отделенные от вещей, первичную материю, сущности, особливости и тому подобные предметы, до такой степени тонкие, что сам Линней, как я полагаю, не смог бы их заметить».
Философия для Эразма есть знание, каким было оно для Сократа и других античных авторов.