В 1259 году папа Урбан IV вызвал его в Рим, пребывание в котором длилось вплоть до осени 1268 года. Появление Фомы при папском дворе не было случайным. Римская курия усмотрела в Аквинате человека, который способен дать трактовку аристотелизма в духе католицизма. Здесь Фома завершает начатую еще в Париже «Философскую сумму» (1259–1264), пишет ряд работ. Он приступает также к работе над главным трудом своей жизни — «Теологической суммой».
Осенью 1269 года по указанию римской курии Фома второй раз отправляется в Париж. Здесь стоит напомнить мнение Жильсона о мотивах его решения. Он пишет следующее: «Парижский университет в то время вновь становится ареной борьбы, на этот раз уже не между корпорациями (то есть между светским и монашеским духовенством), а между сторонниками различных доктрин. Именно в этот период св. Фома, с одной стороны, одержал победу над Сигером Брабантским и латинскими аверроистами, с другой же — над некоторыми французскими теологами, которые хотели сохранить в неизменном виде принципы августиновской теологии».
В этот период Аквинат пишет вторую часть «Теологической суммы» (1269–1272), комментарии к трудам Аристотеля и много других работ.
За время пребывания в Парижском университете Фома, поглощенный борьбой с аверроистами и работой над своими произведениями, не бывал ни на каких приемах, которыми славился тогдашний Париж. Однако доминиканское руководство рекомендовало ему принять приглашение ко двору французского короля Людовика IX.
Шел он неохотно и, если можно применить это слово к столь кроткому человеку, угрюмо. Когда он вошел в Париж, ему показали с холма сверкание шпилей, и кто-то сказал: «Какое счастье владеть всем этим»; а Фома тихо произнес: «Я бы предпочел рукопись Златоуста, никак ее не раздобуду». Упирающуюся громаду, погруженную в раздумье, доставили в конце концов ко двору, в королевский пиршественный зал. Можно предположить, что Фома был изысканно любезен с теми, кто к нему обращался, но говорил мало, и скоро о нем забыли за самой блестящей и шумной болтовней на свете — французской болтовней. Наверное, и он обо всех забыл; но паузы бывают даже во французской болтовне. Наступила такая пауза и тут.
Вдруг кубки подпрыгнули, тяжелый стол пошатнулся — монах опустил на него кулак, подобный каменной палице, и взревел, словно очнувшись: «Вот что образумит манихеев!»
В королевских дворцах есть свои условности, даже если король — святой. Придворные перепугались, словно толстый монах из Италии бросил тарелку в Людовика и сшиб с него корону. Все испуганно смотрели на грозный трон. Но Людовик, при всей своей простоте, был не только образцом рыцарской чести и источником милости — в нем жили и французская галантность, и французский юмор. Он тихо сказал придворным, чтобы они подсели к философу и записали мысль, пришедшую ему в голову, — наверное, она очень хорошая, а он, не дай Бог, ее забудет.
В 1272 году Фома возвращается в Италию. Он преподает теологию в Неаполе, где продолжает работу над третьей частью «Теологической суммы», которую заканчивает в 1273 году.
Спустя два года Фома покидает Неаполь, чтобы принять участие в созванном папой Григорием X соборе в Лионе.