Папа Урбан II встретил их очень ласково, с максимальными почестями. Он поселил Ансельма в покоях собственной резиденции — Латеранского дворца и обращался с ним в высшей степени уважительно и предупредительно, везде появляясь в его обществе и неизменно расхваливая мудрость и добродетели Ансельма.
Летом в Италии очень жарко, и престарелому Ансельму было небезопасно находиться в Риме (ему исполнилось уже 65 лет). Очень кстати оказалось приглашение от аббата Иоанна, бывшего бекского студента-итальянца, провести самые жаркие летние месяцы в его обители, в горах. Папа одобрил эту идею, и он отправились к аббату Иоанну (в монастырь Сан-Сальваторе, Спасителя в Телез близ Беневента). Поскольку в самом Телезе было тоже невыносимо жарко, аббат посоветовал им поселиться в горной деревушке — владении монастыря под названием Склавия, где Ансельм провел лето.
Там он завершил свое основное догматическое сочинение о воплощении «Почему Бог стал человеком?». Ансельм на несколько дней ездил в военный лагерь нормандского герцога Апулии Роджера. Пригласили его сам герцог и папа, который в эти дни тоже собирался быть там. Герцог в это время осаждал Капую, жители которой прогнали своего нормандского правителя и хотели избавиться от иноземного господства. Ансельм снискал большую популярность мягкостью манер и ласковым обращением у солдат. Ансельм и папа Урбан II пробыли там до конца осады, и когда Капуя была взята нормандцами, отправились в Аверсу. Там их настигли известия из Англии о новых бесчинствах Вильгельма Рыжего то он отобрал опять имущество церкви и пускает по миру клириков, то он за взятку разрешил родителям выкрещивать обратно иудейских юношей, обращенных в христианство.
Ансельм опять стал просить папу освободить его от архиепископата. Папа не соглашался, уговаривал его потерпеть для общего блага и пригласил на собор в Бари, намеченный на осень, а покуда они расстались папа поехал в Рим, а Ансельм — в Склавию.
Собор в Бари начался 1 октября 1098 года. Он был посвящен вопросам «точного истолкования веры». Вопрос был, собственно, не о Троице, а о том, откуда исходит Святой Дух. Исхождение Святого Духа — это одна из важнейших христианских доктрин. Этот вопрос стал одним из главных пунктов догматического расхождения между православием и католичеством.
В конце XI века, тезис об исхождении Святого Духа от Отца и Сына был в западной церковной догматике азбучным. Так что теперь на соборе в Бари защита этого тезиса была скорее делом элоквенции — хотя в средние века критерии красноречия в целом несколько сместились от идеала красивой звучности в сторону состоятельности, внятности и проверяемости.
Ансельм произнес речь, дошедшую до нас под названием «Об исхождении Св Духа, книга против греков». На всех речь Ансельма произвела большое впечатление — он был хорошим лектором и нравился обычно приятными манерами, так что, когда собор узнал о его «тяжбе» с Вильгельмом Рыжим, все возмутились и стали требовать отлучения Рыжего, которое неминуемо последовало бы, как считает Эдмер, если бы не вмешательство благородного Ансельма.
На зиму из Бари они вернулись в Рим и сразу же собрались в Лион.