О причине своего вынужденного отъезда из Хорезма Ибн Сина предпочитал не говорить, но она раскрывается в сочинении Низами Арузи.
Дело в том, что Махмуд Газневид направил к Али Ибн Мамуну посла с письмом, в котором приглашал (а фактически требовал) к себе находившихся при дворе хорезмшаха прославленных ученых. Вызвав их, хорезмшах признался, что не может ослушаться приказа грозного завоевателя, но решение вопроса о принятии «приглашения» оставил на усмотрение самих ученых Аль-Бируни, аль Хаммар и аль-Аррак были вынуждены принять его, а Ибн Сина и аль-Масихи отвергли. Велев последним немедленно покинуть город, хорезмшах объявил послу султана, что приглашение его повелителя принято тремя учеными, а Ибн Сины и аль-Масихи в Хорезме нет.
Дерзкий поступок Абу-Али привел султана в ярость, он повелел размножить его портрет в «сорока экземплярах» и разослать их во все края с предписанием найти строптивца и доставить к нему в Газну. Но эти меры ничего не дали.
Скитания Ибн Сины, в самом начале которых он похоронил в песках Хорезмской пустыни умершего от жажды аль-Масихи, завершились в Гургане (Джурджане). Здесь один из местных поклонников науки поселил ученого в специально купленном для него доме, где ежедневно навещавший его аль-Джузджани записывал под диктовку учителя создаваемые им трактаты.
В гурганский период творчества (1012–1014) Ибн Сина, в частности, начал работать над «Каноном врачебной науки». Преследования Махмуда не прекращались, и Абу-Али вновь пустился в путь, который привел его на этот раз в Рей город, ставший при буидском правителе Фахр ад-Дауле крупным научным центром с богатой библиотекой.
К приезду Ибн Сины обстановка здесь была такова, что власть в эмирате узурпировала вдова Фахр ад-Даулы, регентша при его сыне и наследнике Маджд ад-Дауле. При дворе «государыни» Абу-Али выполнял обязанности врача. Повторные поползновения султана Махмуда заполучить к себе Ибн Сину заставили его покинуть и этот город, откуда он попал сначала в Казвин, а потом в Хамадан.
Годы его жизни в Хамадане (1015–1024) ознаменовались тем, что он свою научную деятельность сочетал с весьма активным участием в политических и государственных делах эмирата. За успешное лечение правителя Хамадана Шамс ад-Даулы он получил должность везира, но нажил себе врагов в военных кругах, которых, вероятно, не устраивали его идеи, изложенные им тогда же в книге «Ведение дел, связанных с войском, мамелюками, воинами, их провиантом и взиманием государственных налогов».
Дошло до того, что дом визиря подвергся осаде и разграблению, а сам он был схвачен и едва не расстался с жизнью. Эмир отклонил требование военных предать Ибн Сину казни, но принял компромиссное решение сместить его с занимаемой должности и выслать за пределы своих владений».
Сорок дней» скрывался Абу-Али у одного из знакомых, пока с эмиром не случился очередной приступ одолевавшей его болезни, который заставил его отыскать ученого, извиниться перед ним и назначить вновь своим министром.
Неотлучно следовавший повсюду за своим учителем аль-Джузджани предложил ему тогда же взяться за комментирование трудов Аристотеля.
«Он ответил, — пишет аль-Джузджани, — что у него сейчас для этого нет свободного времени, но добавил: «Если тебя устроит, чтоб я написал книгу, в коей изложил бы из этих наук то, что представляется мне истинным, не входя в дискуссии с теми, кто придерживается отличной от моей точки зрения, и не утруждая себя их опровержением, то я сделаю это».