Он прекратил сотрудничество с Тинбергеном вследствие ареста последнего нацистами. Сам Лоренц был призван в армию, в 1942 г. попал в плен и проработал в госпитале для военнопленных вплоть до 1948 г.
По возвращении в Австрию Лоренц не смог получить никакой официальной должности, однако пытался продолжать свои исследования, пользуясь материальной поддержкой друзей. Так, в 1950 г. ему удалось вместе с Эриком фон Холстом основать Институт физиологии поведения Макса Планка.
Лоренц является основоположником этологии как науки о «биологии поведения» — общебиологических основах и закономерностях поведения животных. Вплоть до самой смерти Лоренц занимался этологическими исследованиями, причем преимущественное внимание уделял изучению поведения водоплавающих птиц.
Несмотря на свой официально признанный статус эксперта в области этологии, за некоторые теории Лоренц подвергался вполне обоснованной критике. Наиболее известным его трудом является книга под названием «Так называемое зло», опубликованная в 1963 г. Здесь Лоренц определяет агрессивное поведение как изначально присущий всем живым существам и имеющий глубинную природную основу элемент. По Лоренцу, инстинкт агрессии является чрезвычайно важным, поскольку он способствует осуществлению в животном мире практически всех функций, включая установление социальной иерархии, сохранение контроля над определенной территорией и т.д.
Эту книгу, возможно, критиковали бы намного реже, если бы Лоренц не распространил свои выводы, предназначенные исключительно для животного мира, на поведение человека. Лоренц даже попытался дать рекомендации по смягчению враждебности в человеческом обществе и предотвращению войн.
Эти «квазинаучные» рекомендации вызвали бурный общественный резонанс, выразившийся в нескончаемых дискуссиях, ведущихся, кстати, и по сегодняшний день, по поводу природы агрессивности. Однако, по мнению, выраженному Эрихом Фроммом в работе «Анатомия человеческой деструктивности», достаточно глубоко проанализировавшего труд «Так называемое зло», рекомендации Лоренца «либо тривиальны, либо просто наивны».
В 1973 г. Конрад Лоренц совместно с Николасом Тинбергеном и Карлом фон Фришем был награжден Нобелевской премией по физиологии и медицине. Причем основным достижением Лоренца считалось то, что он «наблюдал модели поведения, которые, судя по всему, не могли быть приобретены путем обучения и должны были быть интерпретированы как генетически запрограммированные».
Лоренц в немалой мере способствовал осознанию того факта, что поведение в значительной степени определяется генетическими
факторами и подвержено действию естественного отбора. Однако невозможно оспорить тот факт, что некоторые обобщения Лоренца касательно человеческой природы и человеческого поведения представляются довольно спорными.
В 1973 г. из Института Макса Планка Конрад Лоренц ушел на пенсию, но, несмотря на это, продолжал заниматься исследованиями в отделе социологии животных Института сравнительной этологии Австрийской академии наук в Альтенберге. Скончался ученый в 1989 г.
Заслуги Конрада Лоренца перед мировой наукой поистине неоценимы: при жизни он был отмечен множеством наград и знаков отличия, среди которых золотая медаль Нью-Йоркского зоологического общества, врученная в 1955 г., Венская премия за научные достижения, присужденная Венским городским советом в 1959 г., премия Калинги, присужденная ЮНЕСКО в 1970 г.