Столкнувшись при лечении Анны О. с неразрешимыми трудностями, Брейер на несколько лет отказался от использования катар-сического метода. Этот случай оказал значительное влияние не только на Й. Брейера, но и на 3. Фрейда, подтолкнув его к открытию явления трансфера, а также послужив впоследствии причиной того, что ученые разорвали между собой все отношения.
В 1885 г., когда 3. Фрейд возвратился из Франции, И. Брейер вместе с ним вновь вернулся к применению метода катарсиса и к его подробному изучению. Процедура лечения, проводимая ими, сводилась примерно к следующему. Брейер направлял внимание пациента на сцену, повлекшую за собой психическую травму, во время которой возник симптом, и старался обнаружить в ней психический конфликт, с тем чтобы открыть подавленный аффект. При этом было открыто явление, характерное для психических процессов при неврозах. Позже в трудах Фрейда это явление получило название «регрессия». Ассоциации пациента уводили врачей от сцены, которую нужно было разорвать, в прошлое. Постепенно проводимый анализ углублялся в юность, а затем и в детские годы пациента. Это явление повлияло на развитие в дальнейшем всего психоанализа, поскольку без регрессии невозможно было излечить пациента полностью.
Таким образом, благодаря обширной практике Брейера, теория катарсиса была полностью разработана. Суть ее заключалась в неправильном распределении психической энергии: она оттесняется от возможности переработки, обычно происходящей в сознании, и направляется на патологический путь. Эта аффективная энергия расходуется на различные проявления истерии, а через воспоминание прошедшего случая она может перераспределиться и разрядиться. Только после этого Й. Брейер решился в статье «О психическом механизме истеричных феноменов» опубликовать результаты лечения Берты Паппенхайм, скрыв ее имя под псевдонимом.
В 1894 г. по предложению Эрнста Маха Йозеф Брейер был принят в действительные члены Академии наук. В 1895 г. он в соавторстве с Фрейдом написал «Исследования истерии», где была предпринята попытка связать механизмы невроза с неудовлетворенными влечениями и эмоциями. Брейер описал в этой работе свою теорию «гипноидных состояний». Суть ее заключалась в объяснении раздвоения психики, происходящего у истерических больных, разобщения между различными состояниями сознания. По его мнению, в сознании невротика как бы «застревают» чуждые тела, возникающие во время гипноидного состояния. В это время между Брейером и Фрейдом возникли первые разногласия, вызванные разным пониманием психических механизмов истерии.
Настоящий же разрыв произошел позже, когда Фрейд открыл явление переноса и его сексуальную мотивировку. Основанием для этого открытия, как уже упоминалось выше, послужил случай Анны О. Таким образом, Фрейд пришел к мысли о важном значении сексуальности в происхождении истерии. Брейер не мог присоединиться к этой теории, он счел взгляды Фрейда сильно преувеличенными, и достаточно быстро они перестали общаться.
Брейер всегда предпочитал практическую деятельность теории и желал оставаться практикующим терапевтом.