Число приверженцев нового учения росло. Собрания позитивистов принимали все более религиозный характер. Конт мечтал о времени, когда будет произносить проповеди в одной из крупнейших церквей Парижа. В 1849 году он начал читать публичные бесплатные лекции во «Дворце кардиналов» по всеобщей истории человечества. Лекции длились по несколько часов и производили большое впечатление. Они не были напечатаны, но вышедший в 1852 году «Позитивный катехизис» дает некоторое понятие о них.
Речи проповедника новой социальной религии не могли нравиться политикам и неоднократно запрещались. Конт только в определенные часы принимал приверженцев нового учения. Последователи находили много утешительного и полезного в личных наставлениях учителя. В последние годы жизни мысли Конта приняли субъективный и мистический характер. Он стал считать себя основателем новой религии и ввел нечто вроде культа.
В мае 1857 года Конт заболел 5 сентября он почувствовал себя лучше и пожелал остаться один. Когда к нему вошли, он лежал неподвижно перед «алтарем Клотильды», а вечером того же дня тихо скончался. Вдова Конта Каролина Массин пыталась оспорить его завещание, доказывая, что он последние 12 лет был умалишенным, но суд нашел это заявление безосновательным.
В своих произведениях Конт рассматривает широкий круг вопросов, относящихся к естествознанию и обществу. Они дали толчок дальнейшему развитию социологической науки и позитивистской философии. Конт призывал к соединению философии с жизнью и конкретному анализу фактов и явлений. Задачу исследователя он видел в том, чтобы описывать и систематизировать то, что мы получаем в ощущении. При этом он отказывался от поиска причин явлений, считая это занятие бесплодной метафизикой. «Мы считаем безусловно недопустимым и бессмысленным искание так называемых причин, как первичных, так и конечных». Он полагал, что достигнуть абсолютных знаний невозможно. Важное место в своих произведениях Конт отводил классификации наук.
Он полагал, что принцип деления наук должен «вытекать из изучения самих классифицируемых предметов и определяется действительным сродством и естественными связями, которые между ними существуют». Таким образом, он отвергал принцип классификации наук по различным способностям человеческого ума, который в то время и до этого был распространен в естествознании. Считал, что все науки объединяет глубокая внутренняя связь. Отвергал связь естествознания с теологией. Все науки у него обладают различной степенью общности и простоты и их можно расположить по степени убывания общности: математика с механикой, науки о неорганических телах, науки об органических телах (сюда входит и социология).
Конт считал, что развитие общества определяется формами мышления.