Устроена и личная жизнь — рядом верная мадам Жюлиан — близкий друг, секретарь, экономка. Но как ни щедро задаривали богатые покровители Сен-Симона, он по-прежнему оставался бунтарем. Поэтому меценаты публично отмежевались от его идей и заявили, что он ввел их в заблуждение. А вскоре — еще один удар. Суд обвиняет Сен-Симона в оскорблении королевской фамилии. Предлогом послужила «Притча», в которой он писал, что Франция ничего не потеряет, если вдруг волшебным образом бесследно исчезнут члены королевской фамилии, а заодно все аристократы, высшие чиновники, священники и т. д., но очень много потеряет, если исчезнут лучшие ученые, художники, мастера, ремесленники. К счастью, дело обернулось благополучно. Суд присяжных оправдал его, посчитав эти слова не более чем забавным парадоксом.
Сен-Симон продолжает много и плодотворно работать В 1823–1824 годах появляется «Катехизис промышленников», в 1825-м — «Рассуждения литературные, философские и промышленные» с эпиграфом «Золотой век, который слепое предание относило до сих пор к прошлому, находится впереди нас». Наконец, Сен-Симон приступает к своему главному произведению «Новое христианство», оно должно дать будущему «обществу индустриалов» новую религию, берущую от христианства лишь его исходный гуманизм. Именно в этих работах окончательно сформировалось универсальное учение Сен-Симона.
Сен-Симон выдвинул концепцию «социальной физиологии» («науки о человеке») — научного изучения человека и общества. В основе этой концепции Сен-Симона лежал принцип историзма, то есть рассмотрение общества как целостного организма, который закономерно развивается от низших стадий к высшим. Сен-Симон разработал схему исторического прогресса, по которой каждая конкретная общественная система покоится на определенной системе взглядов и убеждений, и если такие взгляды и убеждения теряют доверие, социальный порядок рушится.
Так он полагал, что победа Просвещения над теологией привела к разрушению феодального строя. Только новый уровень идей — современные «позитивные» науки — могут быть основой для постфеодального, индустриального порядка. Это произойдет после того, как на смену старым правящим классам — землевладельцам и духовенству — придет восходящий класс ученых, инженеров, художников, а также промышленников и производителей.
Сен-Симон был одним из первых мыслителей, кто определил главные черты возникшего индустриального общества (или «индустриальной системы»). Подвергая критике капиталистическое общество того времени, Сен-Симон говорит, что «оно являет собой воистину картину мира, перевернутого вверх ногами», в нем «менее обеспеченные ежедневно лишают себя части необходимых им средств для того, чтобы увеличить излишек крупных собственников».
Сен-Симон считал, что лишь всемерное развитие производства может избавить трудящиеся массы от бедствий путем эффективного использования научных принципов организации общества.