В 1666 году он окончил Лейпцигский университет, проучившись, кроме того, один семестр в Йене у знаменитого энтузиаста математического метода познания Э. Вейгеля. Но университетские власти родного города отказали Лейбницу в ученой степени, отклонив его диссертацию. Зато он блестяще доказал право на докторскую степень в том же году в Альторфе, городе близ Нюрнберга.
Лейбниц отказался от предложенной в Альторфе университетской карьеры: она сковала бы развитие его оригинальной мысли. Он поехал в соседний с Альторфом главный город республики, Нюрнберг, где жил его однофамилец (по другим сведениям, дальний родственник) Юстус Лейбниц, с которым философ Лейбниц был хорошо знаком. В Нюрнберге находилось знаменитое общество розенкрейцеров, во главе которых стоял тогда проповедник Вельфер Юстус. Лейбниц также принадлежал к этому таинственному обществу. Известно, что Декарту в свое время так и не удалось узнать тайны розенкрейцеров. Готфрид проявил находчивость. Он достал сочинения знаменитейших алхимиков, выписал из них самые непонятные выражения и формулы и составил записку, в которой, по собственному признанию, он сам ничего не мог понять.
Эту бессмыслицу он преподнес председателю алхимического общества с просьбою принять его сочинение как явное доказательство основательного знакомства с алхимическими тайнами. Розенкрейцеры немедленно ввели Лейбница в свою лабораторию и сочли его по меньшей мере адептом. Лейбниц в течение некоторого времени состоял секретарем общества, вел протоколы, записывая результаты опытов, и делал выдержки из знаменитых алхимических книг. Многие члены общества даже обращались к Лейбницу за сведениями, а он, в свою очередь, постиг их тайны. Лейбниц никогда не сожалел о времени, проведенном в обществе розенкрейцеров. Однако для жизни независимого ученого-исследователя у Лейбница не хватало денежных средств; ему пришлось поступить на службу к титулованным и коронованным владыкам, и в зависимости от них — большей или меньшей в различные периоды времени — прошла потом вся его жизнь. Но будущий философ и ученый использовал малейшую возможность для того, чтобы посмотреть мир, окунуться в атмосферу научных споров с интеллектуальными светилами эпохи, завязать и расширить переписку с ними.
В 1667 году Лейбниц с рекомендательными письмами отправился в Майнц к курфюрсту, которому был немедленно представлен. Ознакомившись с трудами Лейбница, курфюрст пригласил молодого ученого принять участие в подготовке нового свода законов. Работа была поручена Лассеру и Лейбницу. Рассказывают, что Лейбниц купил два издания римского кодекса Юстиниана, разрезал текст, расклеил на бумаге и на полях делал пометки, примечания и исправления.