В 1672 году лорд Эшли стал лордом Шефтсбери и великим канцлером Англии. Локк же благодаря покровителю занял высокий пост секретаря правления по делам благотворительности. На этой должности он пробыл до конца 1673 года, то есть до того времени, когда патрон его снова впал в немилость. Служебные взлеты и падения Шефтсбери, как эхо, отражались на судьбе философа.
Локк отправился во Францию, в Монпелье, где пробыл с конца 1675 года до середины 1679-го. Здесь он поправлял здоровье и участвовал в философских дискуссиях с учениками Декарта и Гассенди. Локк окончательно утвердился в мысли, что схоластическая философия отжила свой век.
Из Монпелье он отправился в Париж, где очень близко сошелся с Юстелем, дом которого в то время служил убежищем для всех ученых скитальцев. В этом гостеприимном доме Локк познакомился с Генелоном, знаменитым в то время врачом из Амстердама, лекции которого по анатомии вызывали общий восторг в Париже; здесь же он встретил известного живописца Суаниора, приславшего ему копию с одной своей картины; последнее доставило большое удовольствие Локку, потому что он любил живопись и был ее знатоком.
В1679 году лорд Шефтсбери снова занял пост президента совета Приехав в Лондон, он тотчас вызвал из-за границы своего друга. Однако вскоре лорд Шефтсбери в очередной раз впал в немилость короля и эмигрировал в Голландию.
Положение Локка в Лондоне после отъезда Шефтсбери стало небезопасным. Философ пытается найти убежище в Оксфорде. Но и здесь он подвергается преследованиям. В 1683 году вслед за Шефтсбери Локк эмигрирует в Голландию.
Вскоре Шефтсбери скончался в Амстердаме.
Для Локка начались годы напряженного труда, глубокого изучения идей Декарта и Гассенди, знакомства с протестантским движением во Франции и Голландии. Но это были и годы тревоги.
В 1685 году герцог Монмут со своей партией обосновался в Голландии и начал готовить государственный переворот в Англии. Английское правительство, узнав о его заговоре, тотчас послало предписание своему посланнику в Гааге потребовать выдачи нескольких подозреваемых им английских подданных, в том числе и Локка. Леклерк, хорошо знавший Локка, утверждает, что философ тогда не имел никаких связей с герцогом Монмутом и не верил в успех его предприятия.
Документы тех лет хранят скрупулезные отчеты правительственных агентов, докладывающих в Англии о каждом шаге философа.
В конце 1684 года Локк находился в Утрехте; он приезжал в Амстердам только на короткое время с намерением снова уехать в Утрехт, чтобы его случайно не включили в число заговорщиков. В Амстердаме же он узнал, что требуют его выдачи, и ему поневоле пришлось скрываться.
Локк продолжал жить в Амстердаме, однако из предосторожности выходил из дома только по ночам. В конце года он переехал жить к Генелону, но только в 1686 году начал снова показываться днем, потому что только к этому времени окончательно выяснилось, что он не имел ничего общего с замыслами герцога. И в это смутное время Локк написал и напечатал свои письма «О веротерпимости».
«Трудно поверить, чтобы человек из чувства милосердия заставлял кого-либо пытками принять ту или другую веру. Если бы Бог хотел силою обратить людей в какую-нибудь веру, то послал бы Христа с легионами ангелов небесных, а не слишком ревностного сына церкви с его драгунами».
Эти письма были с восторгом встречены в Голландии, но оксфордское духовенство ответило на них памфлетами; на два из памфлетов Локк счел нужным ответить, защищая веротерпимость.