Новые перемены в жизни Абу-Али произошли после того, как от очередного приступа, случившегося с ним в походе, умер Шамс ад-Даула и власть в эмирате перешла к его сыну Ибн Сине было предложено вновь занять пост визиря, но он отказался и предложил свои услуги эмиру Исфахана Аля ад-Дауле, войдя с ним в тайную переписку.
Пока, укрываясь в доме некоего аптекаря, ученый работал над «Книгой исцеления», тайна его сношений с исфаханским правителем была раскрыта, недруги выдали место, где он укрывался, Ибн Сина был схвачен и заточен в крепость.
За четыре месяца, проведенных в заключении, Абу-Али написал три работы, в том числе «Трактат о Хайе, сыне Якзана» Ибн Сина находился еще в неволе, когда Хамадан был взят войсками Аля ад-Даулы, а потерпевший поражение эмир очутился в той же крепости, куда в качестве узника препроводил недавно бывшего визиря.
После того как Аля ад-Даула оставил город, хамаданский правитель покинул крепость вместе с Ибн Синой и обратился к нему с щедрыми посулами, предлагая остаться при нем, но уговоры оказались напрасными. При первом же удобном случае Абу-Али, переодевшись дервишем выскользнул из города и направился в Исфахан.
При дворе Аля ад-Даулы ему был оказан радушный прием. Эмир повелел, чтобы каждую пятницу в его присутствии устраивались собрания ученых, и по заверению аль-Джузджани, его учитель не был превзойден никем ни в одной из затрагивавшихся там отраслей знания.
Проведенные им в Исфахане последние годы жизни (1024–1037) были для Ибн Сины самыми плодотворными. Этому в немалой степени способствовало то участливое внимание, которое он встречал в своих научных устремлениях у эмира (историограф Ибн аль-Асир характеризует последнего как «дурно верующего» и обвиняет в том что как раз из-за его тлетворного влияния Ибн Сина впал в «ересь» и восстал против богооткровенной религии).
Именно здесь он завершил свою энциклопедическую «Книгу исцеления» (последние разделы дописывались в походе, в котором Абу-Али сопровождал эмира) и создал другие важные философские произведения «Книгу спасения», «Книгу знания», «Книгу указаний и примечаний», «Восточную философию» и «Книгу справедливого разбирательства».
Рукопись последнего из перечисленных трудов, насчитывавшая двадцать томов, вскоре исчезла во время вражеского нашествия газневидов. Пути Абу-Али и султана Махмуда (а с 1031 года его преемника Масуда) никогда не пересекались потому, что этого не хотел дороживший своей независимостью свободомыслящий философ. Но именно данное обстоятельство во многом определило всю его скитальческую жизнь, и оно же в конечном счете приблизило его смерть. По словам аль-Джузджани, роковая болезнь (колики) у него началась во время неудачных для Аля ад-Даулы военных действий, которые тот предпринял против одного из газневидских полководцев, прославившихся своими расправами над жителями Рея и Персидского Ирака.
«Опасаясь, что эмира вынудят к отходу и что отступать со всеми ему не удастся из-за болезни, Учитель хотел излечиться во что бы то ни стало и промывал себе кишечник по восемь раз в день. В итоге у него воспалилась одна из кишок, на ней образовались язвы.