По совету П. Струве Лосский решил обосноваться в Праге, где продолжил преподавательскую и научную работу. Он читал лекции в Русском университете, организовал лекторат в Брно, ездил с циклами лекций в Варшаву, Париж, Лондон, Белград, посетил США, Швейцарию. До 1930 года Лосский получал профессорскую стипендию из фонда «Русской акции», а также единовременные пособия из канцелярии президента. Чехословацкие президенты Т. Масарик и Э. Бенеш были не чужды философии, а имя Лосского к тому времени стало широко известным.
Экономический кризис 1929 года, рост антиславянских настроений в Праге, наконец, оккупация Чехословакии в 1939 году делали жизнь философа еще более тяжелой он лишился преподавательской работы и в конце 1941 года принял предложение занять место в Братиславском университете. Здесь он прочел массу разнообразных лекций (от философии Хомякова и Соловьева до анализа неокантианства и неопозитивизма), оставил после себя сторонников интуитивизма, влиявших на философскую жизнь Словакии и в послевоенные годы.
В эмигрантский период Лосский продолжал развивать свою философскую систему. Главную задачу он видел в переходе от теоретической философии к практической, а с 1923 года занимался историей русской философии. Сочинения Лосского этого времени глубоко религиозны, направлены на поиск идеала абсолютного добра и красоты. В понимании Лосского «субстанциональные деятели» абсолютно свободны и тем самым абсолютно ответственны за свои поступки. В природе и обществе одновременно действуют прогресс и регресс, в зависимости от свободного выбора «субстанциональных деятелей». Вследствие своего эгоизма многие «субстанциональные деятели» вступают в противоборство друг с другом и образуют наш грешный мир, или царство вражды. Те же, кто вступают друг с другом в отношения любви и гармонии, достигают «конкретного единосущия» и образуют Царство Божие, в котором нет разобщенности и материальности.
Царство Божие и пути его достижения — важнейшая тема книг философа. Лосский рассматривал свою книгу «Достоевский и его христианское миропонимание» (1953) как апологию христианства в преломлении через творчество великого писателя. Мировоззрение Лосского наложило существенный отпечаток на его послевоенные сочинения. В работе «История русской философии» (1951) он особенно подчеркивает реализм и интуитивизм русских философов, утверждает обязательность и прогрессивность христианских принципов в философии.
В книге «Характер русского народа» (1957) выделяет определяющие черты русского характера. На первое место Лосский ставит религиозность русских. Как объяснить тогда победу атеистической коммунистической власти? «У русских революционеров, ставших атеистами, вместо христианской религиозности явилось настроение, которое можно назвать формальной религиозностью, именно страстное, фанатическое стремление осуществить своего рода Царство Божие на земле, без Бога, на основе научного знания.
«Могучая сила воли, страстность отличают русских. Это проявляется в быту, в политической и религиозной жизни.